基于自适应罚函数的QPSO算法的代谢通量评价-计算机应用研究.PDFVIP

第２９卷第４期 计 算 机 应 用 研 究 Ｖｏｌ．２９Ｎｏ．４ ２０１２年４月　 ＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎＲｅｓｅａｒｃｈｏｆＣｏｍｐｕｔｅｒｓ Ａｐｒ．２０１２ 基于自适应罚函数的ＱＰＳＯ算法的代谢通量评估 龙海侠，张秀虹 （海南师范大学信息科学技术学院，海口５７１１５８） 摘　要：针对代谢通量评估问题属于带约束的优化问题，其目标函数是一个非线性、不可微的并且存在多个局 部最小点的复杂函数，提出了使用自适应罚函数的量子粒子群优化算法来解决这个问题。通过自适应罚函数的 方法解决约束条件，然后使用ＱＰＳＯ算法最小化内部代谢通量。用此算法评估谷氨酸棒杆菌的内部代谢通量并 与传统的优化算法来比较，实验结果证明了该算法的可行性和有效性。 关键词：代谢通量评估；带约束优化；量子粒子群优化算法；自适应罚函数 中图分类号：ＴＰ３０１６　　　文献标志码：Ａ　　　文章编号：１００１３６９５（２０１２）０４１２２７０３ ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００１３６９５．２０１２．０４．００７ Ｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘｅｓｔｉｍａｔｉｏｎｂａｓｅｄｏｎｑｕａｎｔｕｍｂｅｈａｖｅｄｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍ ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｗｉｔｈｓｅｌｆａｄａｐｔｉｖｅｐｅｎａｌｔｙｆｕｎｃｔｉｏｎ ＬＯＮＧＨａｉｘｉａ，ＺＨＡＮＧＸｉｕｈｏｎｇ （ＳｃｈｏｏｌｏｆＩｎｆｏｒｍａｔｉｏｎＳｃｉｅｎｃｅ＆Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＨａｉｎａｎＮｏｒｍａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈａｉｋｏｕ５７１１５８，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘｅｓｔｉｍａｔｉｏｎｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｓｔｏａｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｐｒｏｂｌｅｍ，ｏｂｊｅｃｔｉｖｅｆｕｎｃｔｉｏｎｏｆｗｈｉｃｈｉｓｎｏｎ ｌｉｎｅａｒａｎｄｎｏｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｂｌｅａｎｄｅｘｉｓｔｓｍｕｌｔｉｐｌｅｌｏｃａｌｍｉｎｉｍａｍａｋｉｎｇｔｈｉｓｐｒｏｂｌｅｍａｓｐｅｃｉａｌｄｉｆｆｉｃｕｌｔｙ．Ｔｈｉｓｐａｐｅｒｐｒｏｐｏｓｅｄ ｑｕａｎｔｕｍｂｅｈａｖｅｄｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ（ＱＰＳＯ）ｗｉｔｈｓｅｌｆａｄａｐｔｉｖｅｐｅｎａｌｔｙｆｕｎｃｔｉｏｎｔｏｓｏｌｖｅ１３Ｃｂａｓｅｄｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘｅｓ ｔｉｍａｔｉｏｎｐｒｏｂｌｅｍ．Ｔｈｅｍｅｔｈｏｄｔｒａｎｓｆｏｒｍｅｄｔｈｅｓｔｏｉｃｈｉｏｍｅｔｒｉｃｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓｔｏａｎｕｎｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄｏｎｅ，ｂｙｐｅｎａｌｉｚｉｎｇｔｈｅｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓ ａｎｄｂｕｉｌｄｉｎｇａｓｉｎｇｌｅｏｂｊｅｃｔｉｖｅｆｕｎｃｔｉｏｎ，ｗｈｉｃｈｉｎｔｕｒｎｗａｓｍｉｎｉｍｉｚｅｄｕｓｉｎｇＱＰＳＯａｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒｆｌｕｘｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｔｈｅｐｒｏ ｐｏｓｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｗａｓａｐｐｌｉｅｄｔｏｅｓｔｉｍａｔｅｔｈｅｃｅｎｔｒａｌｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘｅｓｏｆｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍｇｌｕｔａｍｉｃｕａｎｄｃｏｍｐａｒｅｄｗｉｔｈｃｏｎｖｅｎ ｔｉｏｎａｌｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｔｅｃｈｎｉｑｕｅ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｒｅｓｕｌｔｓｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｔｈａｔｔｈｉｓａｌｇｏｒｉｔｈｍｉｓｆｅａｓｉｂｉｌｉｔｙａｎｄｖａｌｉｄｉｔｙ． Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ；ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｐｒｏｂｌｅｍ；ｑｕａｎｔｕｍｂｅｈａｖｅｄｐａｒｔｉｃｌｅｓｗａｒｍｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ； ｓｅｌｆａｄａｐｔｉｖｅｐｅｎａｌｔｙｆｕｎｃｔｉｏｎ 　　代谢通量分析（ｍｅｔａｂｏｌｉｃｆｌｕｘａｎａｌｙｓｉｓ，ＭＦＡ）是指导代谢 学规划相比，由于进化算法在解决高维问题时具有强大的搜索 工程的重要方法，其目的是在给定的细胞代谢模型的条