第二讲 基因组与基因组学.ppt

人类染色体DNA大小 Chr. Mb （一）物理制图 （二）遗传制图 （三）基因组DNA序列测定 （四）创建计算机分析管理系统 HGP包括以下研究内容 绘制物理图谱（physical map）： 利用已知序列的DNA片段为基因组分区，位点距离用bp表示。 作图标志称为序列标志位点（sequence tagged sites,STSs）。 （一）物理制图（physical mapping） 克隆载体： Cosmid（粘粒） YAC（酵母人工染色体） BAC（细菌人工染色体） 绘制遗传图谱（genetic map）： 利用人类基因组中自然存在的一些特殊位点作为遗传标志，确定标志位点在一条染色体DNA上的线性排列顺序，标志位点间的距离用cM表示?。 （二）遗传制图（genetic mapping） 遗传标志： RFLP（限制性片段长度多态性） VNTR（可变数目串联重复序列） STR（短串联重复序列） SNP（单核苷酸多态性） A E D b A E d B A E d b D B A E 两对等位基因之间重组互换的频率即遗传距离 10cM 10% 1.遗传图谱（genetic map） （三）基因组DNA序列测定 人类基因组的全部核苷酸(3X109)排列顺序 DNA测序基本步骤 限制性内切酶将大片段DNA切成小的片段 小片段插入（连接）到测序载体中 用测序仪对小片段DNA测序 超级计算机分析测序结果，进行拼接得到 一致序列 DNA 切下的片段插入（连接）到载体中 叠连群测序后得出一致序列 大量的重叠片段 gtatgtacatttttaaaatctcattttaaaaggccagttaaaatgg gtatgtacatttttaa ttttaaaatctcattttaa tttaaaaggccagtta agttaaaatgg （四）创建计算机分析管理系统 主要的人类基因组数据库 欧洲生物信息学研究所EMBL: /? 美国国家生物技术信息中心NCBI: / 日本国立遗传学研究所DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/ HGP主要任务及内容 主要任务 内容 物理制图 确定染色体上诸如限制性内切 （physical mapping） 核酸酶识别位点，或序列标志 位点（STSs）等的位置图。 遗传制图 确定标志位点在一条染色体 （physical mapping） 上的线性排列顺序。标志位点  间的图距以遗传学距离表示， 单位为分摩尔根（cM）  基因组DNA序列 测定人类24条染色体的、由 3X109个核苷酸组成的全部DNA 序列，绘制人类基因组图谱。 通过HGP获得的广泛基因组信息组成了结构基因组学的基本内容，是开展功能基因组学的研究的基础； 同时为详尽研究每一个单基因遗传病提供“平台”，并将成为复杂的多基因遗传病研究的发端。 HGP的意义 完成一个生物体全部基因组测序后即进入后基因组测序阶段——详尽分析序列，描述基因组所有基因的功能，包括研究基因的表达及其调控模式，这就是功能基因组学。 三、功能基因组学 （functional genomics） （一）鉴定DNA序列中的基因 （二）同源搜索设计基因功能 （三）实验性设计基因功能 （四）描述基因表达模式 主要具体内容包括以下方面 基因组（genome） 细胞或生物中，一套完整单倍体遗传物质的总和（包括一种生物所需的全套基因及间隔序列）称为基因组 . 基因组的功能是贮存和表达遗传信息。 人类基因组包含多染色体和XY两条性染色体上的全部遗传物质（核基因组）以及线粒体上的遗传物质（线粒体基因组）。 核基因组+线粒体基因组 第五节 基因组的结构和功能 一、 病毒基因组 DNA病毒 RNA病毒 多数为双链(ds)、环状或线性 多数为单链(ss)、线性 噬菌体phiX174 1977，Sanger 单链环状DNA病毒 5386nt 5386nt 2500氨基酸 乙型肝炎病毒（HBV） 聚合酶 HBsAg HBcAg 开环部分双链DNA病毒 乙型肝炎病毒基因组 乙型肝炎病毒基因组--开环部分