医学论文-单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失.docVIP

医学论文-单核苷酸多态性芯片分析胰腺癌基因组杂合性缺失 ????????????? 作者：林连捷，林艳，郑长青，刘香，金玉 【摘要】? 目的：研究细胞基因组范围内的杂合性缺失（LOH），比较白种人和日本人的异同. 方法：应用高密度单核苷酸多态性(SNP)芯片，检测14种白种人和7种日本人胰腺癌细胞株基因组范围内的LOH. 结果:每一种胰腺癌细胞基因组中都有不同程度的LOH，染色体臂9p的LOH频率最高（19/21，90.5%）；白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现LOH频率不同，白种人中最常见的LOH是9p（14/14，100.0%），17p（13/14，92.9%），18q（13/14，92.9%）等，而日本人出现频率最高的是13q (6/7, 85.7%). 白种人和日本人共同的高频率的（50%以上）LOH出现在染色体臂3p，8p，9p，13q，17p和18q. 结论:胰腺癌出现多处LOH; 不同种族LOH出现可能频率不同. 【关键词】? 单核苷酸多态性芯片;杂合性缺失;胰腺肿瘤 ???? 0引言 ??? 杂合性缺失（loss of heterozygosity，LOH）是一种在肿瘤细胞中常见的DNA异常， LOH区域常含有抑癌基因，与肿瘤的发生有密切关系［1］. 因此分析LOH为定位和发现抑癌基因的有效手段. 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)芯片在检测DNA拷贝数目异常的同时，根据杂合性信号的有无可以检测LOH的存在与否. 我们应用Affymetrix公司推出的高密度SNP芯片，研究来自白种人和日本人的21种胰腺癌细胞株基因组范围的LOH. ??? 1材料和方法 ??? 1.1材料人类胰腺癌细胞株21种分别来源于白种人（14种）或日本人（7种）. 其中白种人胰腺癌细胞AsPC1, BxPC3, Capan1, Capan2, CFPAC1, HPAFII, Hs 700T, Hs 766T, Panc 02.03, Panc 03.27, Panc 05.04, Panc 08.13和SW 1990来自美国菌种保藏中心American Type Culture Collection (ATCC, Manassas, VA)；MIA PaCa2来自日本细胞库Japanese Collection of Research Bioresources （JCRB, Osaka, Japan）. 日本人胰腺癌细胞株KP1N， KP2， KP3和KP4来自日本组织培养学会细胞库，KLM1和NORP1来自日本东北大学加龄医学研究所，T3M4来自日本理化学研究所. 各种细胞株在推荐的培养液中培养，培养液购自Sigma公司. ??? 1.2方法应用试剂盒Puregene DNA Isolation Kit (Gentra Systems, Minneapolis, MN). 根据说明书提取细胞基因组DNA，分???光度计测其浓度和纯度. Affymetrix基因芯片系统包括全自动芯片洗涤工作站，高分辨率芯片扫描仪和杂交箱. 根据操作手册，从细胞株中提取DNA后，250 ng DNA用2种限制性内切酶XbaI或HindIII消化，末端连接Adapter后进行PCR. PCR产物片断化后,末端进行标志, 然后与Affymetrix公司的GeneChip Human Mapping 100K Mapping microarray上的探针杂交. 检测基因芯片上的近100 000个SNP荧光信号，应用分析软件名为Copy Number Analyzer for the Affymetrix GeneChip Mapping 100K array (CNAG)，通过分析杂合性信号的有无判断LOH的存在与否. ??? 2结果 ??? 2.1胰腺癌细胞株的基因组LOH概况在21种胰腺癌细胞基因组中，每一种细胞都有不同程度的LOH(表略). 其中T3M4细胞的24条染色体臂发生LOH频率最高（54.5%）. NORP1出现频率最低，只有3条染色体臂发生LOH（6.8%）. 高频率（50%）LOH出现在染色体臂9p（19/21，90.5%），17p（18/21，85.7%）， 18q（18/21，85.7%），6q（14/21，66.7%），13q（14/21，66.7%），8p（13/21，61.9%），12q（13/21，61.9%），3p（12/21，57.1%），6p（12/21，57.1%），9q（11/21，52.3%）. ??? 2.2白种人和日本人胰腺癌细胞株中LOH比较白种人和日本人胰腺癌细胞株不同染色体臂出现LOH频率不同，图1显示了22对染