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比较基因组学与分子进化复习题 1．比较基因组学及分子进化的产生背景及其应用，请举例说明如何理解其意义？ 产生背景:随着1990 年人类基因组计划(Human Genome Project ，HGP) 的实施并取得巨大成就，同时模 式生物(model organisms)基因组计划也在进行，并先后完成了几个物种的序列分析，研究重心从开始揭示 生命的所有遗传信息转移到从分子整体水平对功能的研究上。 在HGP 进行中完成一系列模式生物全基因组测定，如大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇、小鼠。这些模 式生物全基因组测定的完成有重大理论与现实意义。至此基因组的研究进入了后基因组时代（post genome era ）。它的研究内容可以概括为：比较基因组学、功能基因组学、蛋白质组学、转录物组学、代谢物组学 等，是在全基因组水平上研究基因功能和基因之间互相作用及其调控机制的学科。 随着公共资源数据体系的大规模建立，面对海量数据，如何从这些数据中获得自己想要的知识，搜集、 管理、处理、分析、释读能力的要求迅速提升，比较基因组学和分子进化已经成为生命科学研究的核心和 不可分割的学科。 应用：比较基因组学能根据对一种生物相关基因的认识来理解、诠释甚至克隆分离另一种生物的基因。 远缘基因组间的比较为认识生物学机制的普遍性，寻找研究复杂生理和病理过程所需的实验模型提供 了理论依据，而近缘基因组间的比较则为认识基因结构与功能等细节提供了参数。 比较基因组学与分子进化拓展了模式生物从测序的意义，不仅可以模式生物基因组研究模式生物本 身，更重要的是利用模式生物研究进化上相近的其他物种；推动了物种起源和生物进化研究的发展；同时 带来了研究方法的思路的突破，促进了反向遗传学等学科的发展。 举例：两种血吸虫完整基因组序列被确定 两个国际联合课题组报告了曼氏血吸虫和日本血吸虫的完整基因组序列 。它们是引起血吸虫病（也 称“裂体血吸虫病”）的三种主要病原体中的两种。血吸虫病是一种“被忽视的”热带疾病，影响76 个 国家的超过2 亿人。对基因组序列的解析不仅能够在遗传学水平上揭示虫体的活动规律，而且还将有利于 发现新的药物作用靶位和疫苗抗原，通过对曼氏血吸虫和日本血吸虫的基因转录谱和蛋白质表达谱的研 究，已发现了一些血吸虫与宿主相互作用的重要分子。对新的基因组序列所作的分析，为了解这些病原体 的分子结构和宿主互动方式以及未来开发该疾病定向干涉疗法的途径提供了线索。这两种血吸虫的基因组 是首次被测序的两种扁形虫基因组，所以它们为了解动物演化中的早期事件、尤其是身体模式的确定及组 织发育成器官的过程提供了新视角。 2 ．目前国际上主要生物信息数据库资源包括那些？其作用是什么？在NCBI 数据库中BLAST 的含义是什 么，如何评价其结果的可靠性？ Blastp 、Blastn 、blastx 、Tblastn 和Tblastx 分别能够完成那些 研究工作，请举例说明？ 1 （1）主要生物信息数据库及其作用： ① 核算序列数据库： NCBI ：国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI) 是美国国家 医学图书馆(NLM) 的一部分(该图书馆是美国国家卫生研究所的一部分) 。涵盖了几乎目前研究得到的所有 蛋白质、核酸序列、基因和蛋白质结构与功能的信息，并提供多种软件工具和检索系统。 EMBL ：EMBL - European Bioinformatics Institute 欧洲生物信息研究所。为科学界提供免费生物信息资 源、促进基础研究、提供培训和传播行业尖端技术。管理和维护着多个大型生物信息公共数据库， 跨基 因组学，蛋白质组学，化学信息学，转录组学，系统生物学等，同时创建了多种工具供让研究人员分析和 分享信息。 DDBJ ：DDBJ(DNA Data Bank of Japan) 日本DNA 数据库。DDBJ 主要向研究者收集DNA 序列信息 并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列。与NCBI 的GenBank， EBI 的EMBL 数据库共同组成国际DNA 数据库，每日都 交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国 际DNA 数据库咨询会议和国际DNA 数据 库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同 的。 ② 蛋白质