表观遗传学-基尔顿.pptxVIP

基尔顿生物科技（上海）有限公司唐思伟 博士10/09/2015纲 要表观遗传学（epigenetics）概念表观遗传学研究内容与方法DNA甲基化（DNA methylation）组蛋白修饰（Histone modification）microRNALncRNAEach adult human body has over 200 distinct cell types that share the identical genome sequenceQ: The same genome, different phenotype, why?A: The difference of Gene Expression Pattern 真核生物基因表达调控层次：1、DNA水平调节2、转录水平调节3、转录后水平的调节4、翻译水平调节5、翻译后加工的调节DNADNA水平调节转录水平调节转录初产物RNA转录后水平的调节核细胞质mRNAmRNA降解的调节翻译调节mRNA降解物蛋白质前体翻译后加工的调节活性蛋白质Epigenetics— The study of heritable changes in gene expression that occur independent of changes in the primary DNA sequence.特征：DNA（基因序列）保持不变；基因表达模式发生了改变（可遗传的、可逆的）；具有组织/细胞特异性；其本质是细胞在不同的时间、空间状态下，通过复杂的调控机制，基因序列保持不变的状态下，基因表达水平（蛋白质，RNA）发生变化的现象。DNA甲基化的特征Neuropsychopharmacology REVIEWS (2013) 38, 23–38DNA甲基化发生在保守的CpG序列上。哺乳动物基因组中约有 5%- 10%是 CpG位点。CpG 位点不是均匀分布，而是呈现局部聚集倾向，形成一些 GC 含量较高、CpG 双核苷酸相对聚集的区域，即 CpG 岛（CpG island）。CpG岛倾向于定位在基因的5’端，在人类基因组中，~60%的基因启动子区（promoter）含有CpG岛。基因组中，绝大多数CpG位点是甲基化的。但CpG岛中CpG位点通常是非甲基化的。DNA甲基化的功能CPG island的功能：通过甲基化与去甲基化，调控下游基因的表达 —— 基因表达的调控开关Methylation Pattern in cancerNat. Struct. Mol. Biol. 20, 274–281 (2013);文献举例Science 2003, 300(5618):489-492. Dnmt1 chip/–小鼠Dnmt1酶的表达量明显减少，大约为正常小鼠的10%Science 300, 489 (2003)Dnmt1 chip/–小鼠体重仅为正常小鼠66% 80%的小鼠在4-8个月内产生T细胞性淋巴瘤Science 300, 489 (2003)c-myc癌基因在Dnmt1 chip/–小鼠中异常高表达Science 300, 489 (2003)DNA甲基化检测方法全基因组甲基化分析Bisulfite genomic sequencingChip-seq (MeDIP)单基因/位点甲基化分析Methylation-specific PCR(MSP)Nat Rev Genet, 2008. 9(6): p. 465-76.Nat Rev Genet, 2008. 9(6): p. 465-76.Bisulfite ConversionSodium BisulfiteChip-seq (MeDIP)5-methyl-cytidine (5mC) antibodyImmunoprecipitation (IP)High-throughput sequenceArray hybridizationNature Reviews Neurology?10,?372–385?(2014)Oncogene (2006) 25, 6975–6985Histone ModificationCell, 2007. 128(4): p. 693-705.Nat Med, 2011. 17(3): p. 330-9.Cell, 2007. 128(4): p. 693-705.组蛋白后修饰的生物学效应组蛋白后修饰能改变组蛋白的空间构象，从而导致组蛋白与DNA结合状态的改变，最终改变基因表达状况；一个组蛋白分子上，往往存在多种后修饰；组蛋白中的多种后修饰存在cross-talk，通过后修饰的协调作用，影响基因的转录状态。Histone acetylation and gene expression组蛋白后修饰