专题-序列分析和引物设计PPT.ppt

“Ctrl+V”输入序列 也可以把上下游引物分别设在序列的某一特定位置 界定产物长度 界定引物长度 在55-65之间调整 此图对于设计体外表达引物或转基因载体构建引物十分重要。原则为：设计引物添加酶切位点必须是目的基因中没有的酶切位点。 多序列比对 应用： 简并引物设计 差异位点分析（SNP或氨基酸差异等） 进化树的构建 保守区 DNAMAN1形式 DNAMAN2形式 GCG形式 GDE形式 选择某区段 引物设计专题 分子生物学实验基础之 生物科学技术学院 郭志富 2011年11月8日 简并引物设计：基于保守区设计，用于保守区片段（或中间片段）获得 定量引物设计：用于半定量和实时荧光定量PCR 标记引物设计：基于特异区设计，用于标记特异基因或特异物种材料。 表达引物设计：用于原核体外表达、真核表达（转基因） SNP引物设计：用于单核苷酸突变鉴定 RACE及染色体步移引物设计：基于已知序列，用于获取未知序列区段 甲基化引物设计：用于检测基因甲基化情况 。。。 。。。 引物设计分类 ＰＲＩＭＥＲ５.０的常规应用 结合ＤＮＡＭＡＮ 激活软件 ？ 获取激活码 * * 序列分析及引物设计专题 郭志富 2012年11月21日 测序序列 如何确定是否为目的序列？ 如何去除载体序列？ 如何转换成有义链？ 如何找到序列起始和终止位置？ 一、序列分析部分 第一步：BLAST 输入测序序列 去除序列中此数字之前的序列，一般前50-80bp要么是载体序列，要么是测序不准确的端部 一般序列较短时，开始比出来的有可能是载体序列，此时需在测序序列中去掉比对数字之后的序列，也就是去除和载体序列一致的序列。把目的序列重新输入进行比对。 去除序列中此数字之后的序列，一般为载体序列 根据目标序列的方向判定检测序列是否为有义链： 如果检测序列（Query）顺序与目标序列（Sbjct）顺序相反（上边的序列从左到右是递增，下边的目标序列是递减），则检测序列需要进行反转。 如顺序相同则可能为有义链，再根据氨基酸翻译情况具体确定。 第二步：序列整理与分析---DNAman软件的应用 点击 粘贴待分析序列 输入”ORIGIN” 选择序列后点击载入 序列的不同显示类型（互补、反向、反向互补等） 去除此部分后保存，即得到反转后的有义链 翻译为氨基酸序列 有义链翻译后，三个可能的读码框中其中有一个为连续的氨基酸序列，即不总出现终止密码子（*）。这条氨基酸序列可保存后进行序列分析。 如是全长编码区，需要找到起始密码子ATG(M)，和终止密码子TAG\TGA\TAA（*） *