甘蓝型油菜作图群体亲本基因组及性状QTL密集区变异特点.pdfVIP

中国油料作物学报 。 2017，39(4)：427—436 Chinese ofOil Sciences JournalCrop 甘蓝型油菜作图群体亲本基因组及 性状QTL密集区变异特点 程明星1，童超波1”，程晓晖1，刘越英1，刘立江1，柴国华3，黄军艳1加，刘胜毅1’2 (1．中国农业科学院油料作物研究所／农业部油料作物生物学与遗传育种重点实验室，湖北武汉，430062； 2．湖北大学／生物资源绿色转化湖北省协同创新中心，湖北武汉，430062； 3．中国科学院青岛生物能源与过程研究所，山东青岛，266101) 摘要：为了解作图群体亲本间基因组和密集QTL区的遗传变异，促进QTL定位与克隆，本研究对一个甘蓝型 油菜(Brassica inbred napus)重组自交系(recombinant 时间、菌核病抗性等性状差异显著)的基因组进行深度测序和分析。研究结果表明：在M083和888—5中分别检测 941 046 到SNP个数为1397和2 961和428 384和88 009，InDel个数为410572，结构变异个数为90 456，拷贝数变 异个数为46655和46 008。对包含开花时间、菌核病抗性、株高等多个性状主效QTL密集的A02染色体进行分析 总体呈相反的趋势；片段丢失也有热点区，888—5和M083均在两个共同区域高频发生，其中一个为QTL密集区； 倒位在染色体上的分布虽然也是不均匀的，但两品种间发生区域不同，且与QTL无关。本文关于基因组变异 (SNPs、InDels、除倒位外的结构变异)热点区和QTL密集区重复的结论对性状控制位点精细定位、基因克隆及育种 亲本选择有一定的指导意义。 关键词：油菜；作图群体；亲本；基因组变异特点；QTL 中图分类号：S565．403文献标识码：A 文章编号：1007—9084(2017)04—0427—010 Characterizationof variationin genome—-wide mappingpopulation in anddense Brassica QTL parents region napus CHENG Ming—xin91，TONGChao—b01”，CHENGXiao—huil，LIUYue—yin91， LIU Li—jian91，CHAIGuo—hua3，HUANGJun—yanl’24，LIUSheng—yi卜2 ResearchInstitutetheChinese Sciences (1．OilCrops of AcademyofAgricultural andGenetic Oil ／KeyLaboratoryofBiology Improvementof Crops，MinistryofAgriculture， Wuhan CollaborativeInnovation Center 430062，China；2．Hubei