系统发育树的构建方法.pptVIP

/ 用MEGA5建NJ树 将多条FASTA序列导入MEGA 得到序列比对后，将其存为“.meg”格式。MEGA只能打开meg格式的多序列比对文件。 用MEGA5建NJ树 * 用户名：学号 初始密码：学号 完成测试作业 完成测试作业 进入我的空间 完成测试作业 点击未完成作业 从课程互动可以进入课程论坛 完成测试作业 ?答题卡点击主观题[填写答案] ?主观题答案输入框里输入答案，点确定 ?答题卡点击提交 说明：本次作业成绩占期末总成绩10% ！！！ ? ? ? ? 生 物 信 息 学 Bioinformatics 0233301510 魏天迪 微生物技术国家重点实验室 山东大学 生命科学学院 2015.11.06 第五章 分子进化 系统发生 进化论与智慧设计论 这篇文章是作者专门用于反对造物主理论和智能设计论的。 “blind as a mole” “giraffe‘s long neck” “birds have no teeth?” Jean Baptiste Lamarck (1744-1829) 用进废退论： 拉马克（1744-1829）认为，生物经常使用的器官会逐渐发达，不使用的器官会逐渐退化。拉马克认为用进废退这种后天获得的性状是可以遗传的，因此生物可把后天锻练的成果遗传给下一代。如长颈鹿的祖先原本是短颈的，但是为了要吃到高树上的叶子经常伸长脖子和前腿，通过遗传而演化为现在的长颈鹿。又例如上一代是为举重选手，则子代应遗传得自父母之强健肌肉。 拉马克主义 推翻拉马克主义： 德国的魏斯曼把老鼠尾巴都切断后，再让其互相交配来产生 子代，而生出来的结果也依旧都是有尾巴的。再将这些没有的子 代互相交配产生下一代，而下一代的老鼠也仍然是有尾巴尾巴的。 他一直这样重复进行至第二十一代，其子代仍然是有尾巴的。 支持拉马克主义： 水生的雄蟾蜍都有一个黑色指垫，陆生的没有。奥地利的卡姆梅勒强迫陆生的产婆蟾在水中生活，繁殖了几代之后绝种了，但是在绝种之前，雄蟾蜍据称长出了黑色指垫，而且一代比一代更明显。他为了拉到资助，周游列国到处演讲。1923年，他带着产婆蟾标本去英国演讲，引起了遗传学家贝特森的怀疑。1926年，美国自然历史博物馆和维也纳大学检查他的产婆蟾标本，发现所谓“黑色指垫”乃是用黑墨水涂上去的。 一个多月后卡姆梅勒开枪自杀，留下一封遗书，声称他是无辜 的，是另外有人在他不知道的情况下造假。 拉马克主义 达尔文与《进化论》 优胜劣汰，适者生存理论： 生物都有繁殖过剩的倾向，而生存空间和食物是有限的，所以生物必须“为生存而斗争”。在同一种群中的个体存在着一定程度的变异，那些具有能适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，并把有利变异遗传给后代，不具有有利变异的个体就被淘汰。如果自然条件的变化是有方向的，则在历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。由此可能导致亚种和新种的形成。以长颈鹿为例：一群长颈鹿，脖子长长短短的都有， 但自然环境中较低处的树叶都吃完了，只有那 些脖子长的能够到更高处叶子的鹿才能吃饱并 繁衍后代，而那些脖子不够长的饿死了，也就 没有了后代。 达尔文主义 达尔文与牛顿谁更牛？ 1. 最确凿证据是：生物化石！--零散、不完整 2. 比较形态学、比较解剖学和生理学等：确定大致的进化框架--细节存在很多的争议 如何研究进化史 3. 分子进化：利用软件，从分子水平（DNA、RNA或蛋白质序列）上，构建物种的进化树--准确度依赖软件的优劣及参数的设置 美国人Linus Pauling于1964年提出了分子进化的理论。 在分子水平上（DNA、RNA或蛋白质序列）而不是物种的外在特征，来研究进化过程。 基于某一个特定的分子在不同物种中的序列差异来构建进化树。 基本假设：（1） DNA、RNA或蛋白质序列包含了物种的所有进化史的信息；（2）分子钟理论：一个特定蛋白质的进化变异（不同碱基或氨基酸的个数）的速度在不同物种中是基本恒定的。即两个蛋白质的序列越相近，他们距离共同祖先就越近。 分子进化 三种不同的homologs 同源（Homologs）：来源于共同祖先的序列相似的序列为同源序列。相似序列并不一定是同源序列。 直系同源（Orthologs ）：来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。 旁系同源（Paralogs） ：在同一物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。 异同源（Xenologs ）：通过基因水平转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的蛋白质序列。 三种不同的homologs 越来越多的细菌和动植物的基因测试显示，