基因芯片技术及临床应用演示幻灯片.ppt

CSH杂交测序原理示意图（点击此处观看Flash动画） 1.3 毛细管电泳芯片测序技术 Mathies等成功地应用通过光刻加工出的毛细管长3.5厘米、横切面50微米×8微米的毛细管电泳测序芯片在10分钟内完成了含433碱基对的DNA序列测定。 美国的CuraGen公司和普林斯顿大学也正在从事这类芯片的研究开发工作。 2. 基因表达分析 随着人类基因组计划的顺利进行，基因组研究的重心转了功能基因组学，研究基因的功能，特别是研究疾病相关基因已成了生物科技界的热点。基因表达芯片为此提供了最好的技术平台。 对大多数基因而言，mRNA表达水平与其蛋白质的水平相对应。 Picture from IIR: http://www.inet.uni2.dk/~iirrh/IIRhome.htm 一般以Oligo-dT作引物进行RT-PCR制备靶基因，对细胞内大量基因的mRNA表达差异进行检测，从而了解细胞的性质与状态。 基因芯片技术可清楚地直接快速地检测出以1:300,000水平出现的mRNA，且易于同时监测成千上万的基因。 R R R R G G : A B : A = B : A B S a m p l e A S a m p l e B p r e p a r a t i o n o f m R N A l a b e l e d c D N A m i x i n g h y b r i d i z a t i o n p r e p a r a t i o n o f m R N A l a b e l e d c D N A 基因表达分析示意图 由于生物芯片技术可直接测到mRNA的种类及丰度，所以它是研究基因表达的有力工具。 基因芯片种包含了几万种人工合成的寡核苷酸探针或cDNA，可检测转录产物从几个数量级到每个细胞的几个拷贝，均能被定量研究，被检测目的基因可多达10,000个。 系统微型化，样品需量极小 同时研究上万个基因的表达变化，研究效率明显提高 能更多地揭示基因之间表达变化的相互关系，从而研究基因与基因之间内在的作用关系 检测基因表达变化的灵敏度高，可检测丰度相差几个数量级的表达情况 节约费用和时间 表达谱基因芯片研究基因表达与传统的Northern Blot相比有许多重要的优点 3.寻找新基因 定量检测大量基因表达水平在阐述基因功能、探索疾病原因及机理、发现可能的诊断及治疗等方面是很有价值的。 基因芯片技术在发现新基因及分析各个基因在不同时空表达方面时一项十分有用的技术，它具有样品用量极少，自动化程度高等优点，便于大量筛选新基因。 目前，大量人类ESTs给cDNA微阵列提供了丰富的资源，数据库中400,000个ESTs代表了所有人类基因，成千上万的ESTs微阵列将为人类基因表达研究提供强有力的分析工具。这将大大地加速人类基因组的功能分析。 4.突变体和多态性检测 肿瘤和遗传性疾病发生的根本原因是由于遗传物质发生了改变。 检测基因突变对于阐明肿瘤与遗传病的分子机制、疾病的早期诊断具有重要意义。 以往研究突变和多态时多采用PCR-SS-CP、手工或自动测序、异源双链分析、蛋白截短检测等方法，所有这些都需经过电泳环节，不能满足大规模、低消耗和自动化的要求。 应用基因芯片方法检测时可克服上述不足，且与DNA聚合酶或连接酶结合检测时可获得更高的分辨率 电子芯片 片基为带有正电荷的硅片，硅片经热氧化，制成1mm2的阵列，每个阵列含多个微电极，在每个电极上通过氮化硅沉积和蚀刻制备出样品池。 将链连有亲和素的琼脂糖覆盖在电极上，在电场作用下预先合成的生物素标记的探针即可结合在特定电极上。 AVI from Nanogen: / Picture from Nanogne website: / 最早由美国Nanogen公司开发，目前国内清华大学和复旦大学也在开发这一技术。 最大特点： 杂交速度快，可大大缩短分析时间。 最大不足： 芯片制备复杂、成本较高。 三维芯片 片基上为大量的微小聚乙烯酰胺凝胶条，每个凝胶条可用DNA分析。 先把已知化合物加在凝胶条上，用3cm长的微型玻璃毛细管将待测样品加到凝胶条上。 凝胶条的三维化能加进更多的已知物质，增加了敏感性。 可以在芯片上同时进行扩增与检测。 是该技术不仅可以用于基因芯片，也可以制作蛋白芯片。 美国的Packard、摩托罗拉、Argonne国家实验室三家机构与俄罗斯Engelhardt分子生物学研究所合作开发。 应用优势 流过式芯片 在芯片片基上制成格栅状微通道，将预先设计及合成的特定寡核苷酸探针结合于芯片上微通道内的特定区域。 Picutre from UKMSTS Suimmit Conference: http://www