[高等教育]第四章 计算机在微生物学中的应用.pptVIP

第四章 计算机在微生物学中的应用 4.1 微生物基础知识简介 1 微生物技术的发展 由于微生物的个体十分小,所以对微生物的观察必需借助于显微设备. 在远古时期,人们观察到微生物的活动常常是造酒之类的工作; 到了近代自从列文.胡克发明了显微镜以后,微生物的研究才开始蓬勃发展起来. 巴斯德在研究中发现: 酿酒、食物腐败等都是由于一定数量的微生物作用的结果，进而提出了巴氏消毒法，这种方法在现代的酿酒和奶制品生产企业中依然用到；此后，巴斯德还进行了传染病的研究，提出：病原微生物是传染病因的正确理论和应用菌苗接种预防传染病的方法。 德国微生物学家科赫对新兴的医学微生物学做出了巨大贡献： （1）论证炭疽杆菌是炭疽病的病原苗 （2）发现结核病和霍乱的病原细菌，并提倡采用消毒和杀菌方法防止这些疾病的传播； （3）首创细菌的染色方法，采用了以琼脂作凝固培养基培养细菌和分离单苗落而获得纯培养的操作过程； （4）规定了鉴定病原细菌的方法和步骤，提出著名的科赫法则。 之后，陆陆续续有科学家在微生物研究中有新的发现： 无菌外科手术的发明，白细胞的免疫作用 土壤中的硫化细菌和硝化细菌的作用 烟草花叶病毒，噬菌体等 分子生物学方法与转基因技术的应用都为微生物的不断发展提供了巨大的支持 在微生物学的发展过程中，按照研究内容和目的的不同，相继建立了许多分支学科： 研究微生物基本性状的有关基础理论的有微生物形态学、微生物分类学、微生物生理学、微生物遗传学和微生物生态学； 研究微生物各个类群的有细菌学、真菌学、藻类学、原生动物学、病毒学等； 研究在实践中应用微生物的有医学微生物学、工业微生物学、农业微生物学、食品微生物学、乳品微生物学、石油微生物学、土壤微生物学、水的微生物学饲料微生物学、环境微生物学、免疫学等。 2 微生物学的发展趋势 （1）微生物基因组的研究将对微生物学的发展形成巨大的推动力 因为微生物相对基因结构较为简单，对其进行研究的时间和经济成本也相对较低，而研究所得的结果有的也可对其它生物的研究也有借鉴意义 （2）新微生物群落的发现将拓宽其应用领域 主要体现在极端高温、高压、低温、酸碱、高盐、强辐射等环境条件下的生命现象。 3 微生物的特点 微生物个体很小，一般采用（埃）作单位。与食品有关的微生物，主要包括：细菌、放线菌、酵母菌、霉菌、食用菌、及病毒等六大类。微生物的繁殖方式分为：有性繁殖和无性繁殖。人类和微生物的关系是很密切的。微生物具有如下的特点： （1）分布广、种类多 （2）生长旺、繁殖快 （3）适应强、易变异 （4）代谢强、转化快 4．2 计算机在微生物分类学中的应用 微生物分类学与植物和动物的分类学比较起来有着明显的难点，即：绝大部分微生物个体小、形态简单、易受环境影响而变异、缺少有性繁殖、缺乏化石资料。 界、门、纲、目、科、属、种。在分类中，若这些分类单元的等级不足以反映某些分类单元之间的差异时也可以增加亚等级 微生物常见的术语： 培养物（culture),是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物，若单一为纯培养 菌株（strain)，表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代 居群（population)，population一词也有人译为群体、种群或群丛等，是指一定空间中同种个体的组合 型（form或type),常指亚种以下的细分，当同种或同亚种不同菌株之间的性状差异，不足以分为心的亚种时，可以细分为不同的型 种：是一个基本分类单位；是一大群表型特征高度相似、亲缘关系极其接近，与同属内其他种有明显差别的菌株的总称。 与所有的动植物一样，每一种微生物都有一个自己的名字，名字可以分成俗名（common name）和学名（scientific name）两种: 俗名指普通的、通俗的、地区性的名字，具有简明和大众化的优点，但往往涵义不够确切，易于重复，使用范围局限，例如“结核杆菌”(tubercle bacillus)用于表示Mycobacterium tuberculosis（结核分支杆菌） 学名则往往指的是一个菌种的科学名称，它是按照《国际细菌命名法规》命名的、国际学术界公认并通用的正式名字。一个种的学名是用拉丁词或拉丁化的词组成的。 根据双名法的规则，学名通常由一个属名加一个种的加词构成。出现在分类学文献中的学名，在此两者之后往往还加上首次定名人（用括号括住）、现名定名人和现名定名年份，但在一般使用时，这几个部分总是省略的。即： 学名=属名＋种的加词＋（首次定名人）＋现名定名人＋定名年份 其中，种的加词是的必要，一般用斜体排字；现名定名人则可以省略，均用正体排字 如例：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌） Escherichia c