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蛋白质结构预测 蛋白质结构预测 生命科学与技术学院 周鹏 蛋白质是重要物质基础 人体的所有组织器官都会有蛋白质，蛋白质是生 命的物质基础。蛋白质是人体的主要“建筑材料” 。没有蛋白质的供给，人就不可能从3～4千克的 新生儿长成50～60千克重的成年人。 一般说，蛋白质约占人体全部质量的18％，最重 要的还是其与生命现象有关。蛋白质和核酸是生 命存在的主要形式。 面对堆积如山的生物学数据…… 蛋白质的功能 蛋白质是调控和实现所有生物功能的分子机器。 例如：  结构蛋白-胶原酶-维持和增强结缔组织  机械酶-肌浆球蛋白-实现宏观和微观上的运动  各种酶-参与生理功能  某些蛋白质与DNA或RNA相互作用产生新的蛋白质 蛋白质折叠 蛋白质是线性的氨基酸合成的结果，但在生物 体内会迅速折叠成一个紧密的球状结构。 1.大多数蛋白质只有在折叠成天然球状结构的时 候才能具有完全的生物活性。 2.去折叠（变性）蛋白质在允许重新折叠的实验 条件下可以折叠到原来的结构。 蛋白质结构预测问题 序列 结构 功能 ….-Gly-Ala-Glu-Phe-…. 功能 ….-Gly-Ala-Glu-Phe-…. ? 功能 计算机辅助蛋白质结构预测 ….-Gly-Ala-Glu-Phe-…. 功能 重大挑战性问题 蛋白质的结构预测！！ （目前，还没有一个算法能够很好地预测出一个蛋白的三维结构形状） 蛋白质结构预测 通过计算（如分子力学、分子动力学等）来进行 结构预测  （1）对于天然蛋白结构和未折叠结构，两者之 间的能量差非常小（1kcal/mol 数量级）  （2）研究蛋白质结构的计算量非常大 氨基酸 蛋白质由20种不同大小、形状和化学特性的氨 基酸组成。 氨基酸结构： 氨基酸通常按性质被分为3类 A.疏水氨基酸（hydrophobic amino acid） B.极性氨基酸（polar amino acid） C.带电氨基酸（charged amino acid ） 疏水性氨基酸 这类氨基酸的侧链大多或者全部由碳原子和氢原子组 成，因此这些氨基酸就不太可能与水分子形成氢键。如： 酪氨酸、色氨酸、苯丙氨酸等。 色氨酸 酪氨酸 苯丙氨酸 Company Logo 极性氨基酸 这类氨基酸的侧链通常由氧原子和/或氮原子组成，它 们比较容易与水分子形成氢键。如甘氨酸、半胱氨酸、酪 氨酸等。 甘氨酸 半胱氨酸 酪氨酸 Company Logo 多肽的组成（一级结构） 几个氨基酸组成的氨基酸链称作肽，一条较长的氨基酸 链通常称为多肽或者蛋白质。当两个氨基酸实现共价结 合的时候，一个氨基酸的氨基丢失一个氢，同时另一个 氨基酸丢失一个氧和一个氢，脱水生成肽键。 二