多核集群的MPI并行程序设计.docVIP

Harbin Institute of Technology 并行处理与体系结构 实验报告 实验题目： 多核集群的MPI并行程序设计 院 系： 计算机科学与技术 姓 名： 学 号： 实验日期： 2011-12-18 哈尔滨工业大学 实验三：多核集群的MPI并行程序设计 一、实验目的 1、理解并行计算的系统和模型，掌握并行计算的原理、方法、环境和工具。理解并行编程的概念、环境和方法，理解消息传递编程模型。 2、掌握Linux下MPI并行集群环境的配置 。 3、掌握MPI并行编程规范 （1）掌握MPI的体系结构、特点 （2）掌握MPI的基本语句、构成方式 （3）能够分析和编写简单的MPI并行程序 二、实验内容 在Linux下建立并行集群环境，掌握如何在Linux下构建多核集群的并行计算环境 。 在已经建立的Linux并行集群环境下编译运行C/C++语言MPI程序，并与串行程序进行比较，分析其性能变化 。 实验原理 并行计算的三种模式： 1、共享内存： 在这种模式下，所有的线程独立运作，但共享相同的内存资源。 例如，在一个多核心电脑上不同的线程共享内存里的矩阵、参数，等等。这种模式在今天通常称为Symmetric Multiprocessor (SMP)。 这种模式下典型的并行计算程序可以使用OpenMP实现（一个API的多平台共享存储并行编程）。 2、分布式内存： 在这种模式下，进程（或处理器）都有自己的本地内存。 例如，内存可能会分布在整个网络，但是单个计算机上的每个线程只能用本地分配给它的内存。 甚至在同一台计算机上的不同进程都有独立的内存位置。 在这种模式下不同的进程通常需要与其他进程沟通以获取和发送数据。 在这种模式下典型的并行计算程序可以通过MPI（消息传递接口）实现。 3、混合分布式内存： 在这种模式下，共享存储的单元通常是一个SMP节点。 在给定的SMP处理器上内存是通用共享的。 程序所需的总内存分布在多个SMP构成的网络上。 每个SMP只知道自己的内存- 而不包括其他的SMP内存。 因此，一个SMP和另一个SMP的网络通信是必须的。 这种模式下典型的并行计算程序可以通过同时使用OpenMP和MPI来实现。 MPI介绍： MPI是分布式内存的并行，即利用多台机器（或一台机器上的多个线程，实际意义不大）分工合作，各个机器使用自己的内存存储数据并完成不同的任务。当然不同机器间还需要数据通信。MPI提供了这种分布的、基于消息传递的并行方式的实现规范和标准。 消息传递是目前使用最广，且已经在大型并行机上实现了并行计算的一种方式。在消息传递模型中，计算由一个或多个进程组成，进程间的通信通过调用库函数发送和接收消息来完成。通信是一种协同行为，即源进程调用库函数发送数据，目的进程调用相应库函数接收数据。MPI并行执行的各个进程具有自己独立的堆栈和代码段。主要有两类： （1）单程序多数据（Single Program Multiple Data，简称SPMD） （2）多程序多数据MPMD MPI程序的六个基本函数： MPI_Init MPI_Finalize MPI_Comm_rank MPI_Comm_size MPI_SEND MPI_RECV MPI环境配置： 本次试验采用一台服务器一台终端的形式来搭建环境，其中服务器为node23，ip地址为172.16.238.122；终端为node24，ip地址为172.16.238.128。 1、配置网络环境 首先，关闭防火墙，在系统-管理-网络-DNS处设置主机名为node23，如下图： 其次，配置/etc/hosts文件，将服务器设置成scc-m，如上图： 2、配置SSH 首先，生成dsa密钥，在终端命令行下，输入命令ssh-keygen -t dsa，按照默认设置，生成密钥，并且复制id_dsa.pub 为authorized_keys，如下图： 其次，分别对node23、node24建立连接，输入命令#ssh node23和#ssh node24，输入对应的密码。 再次，将/host/.ssh目录拷贝给终端电脑node24，拷贝到/root目录下，如上图。 最后，在node24上测试ssh连接。输入命令ssh node23即可。 3、安装mpich2到目录/opt/mpi目录下，确保两台电脑安装到相同的路径下。 首先，执行解压命令 tar -zxvf mpich2-1.0.3.tar.gz解压安装文件。 其次，进入mpich2-1.0.3 目录，进行安装配置，输入命令