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刘芳 2015.12.11 系统发育分析方法 1 系统发育分析常用方法 一、基于距离方法 Distance based (Algorithmic) methods 二、基于特征符方法 Character based (Tree searching) methods Maximum parsimony (MP) Maximum likelihood (ML) Bayesian inference (BI) unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) Neighbor-Joining Method (NJ) Minimum Evolution (ME) Fitch-Margoliash Method (FM) 2 方法 基本特征 适用范围 优点 缺点 NJ 不需要分子钟假设，是基于最小进化原理，进行类的合并时，不仅要求待合并的类是相近的，而且要求待合并的类远离其他的类。 远缘序列，进化距离不大，信息位点少的短序列 假设少，树的构建相对准确，计算速度快，只得一颗树，可以分析较多的序列，运行速度优于最大简约法 序列上的所有位点等同对待，且所分析的序列的进化距离不能太大 MP 基于进化过程中碱基替代数目最少这一假说，不需要替代模型，对所有可能的拓扑结构进行计算，并计算出所需替代数最小的那个拓扑结构，作为最优树 近缘序列物种序列的数目≤12. 善于分析某些特殊的分子数据如插入、缺失等序列有用。 只适于序列数目N≤12。存在较多回复突变或平行突变时，结果较差。变异大的序列会出现长枝吸引而导致建树错误。 ML 依赖于某一个特定的替代模型来分析给定的一组序列数据，使得获得的每一个拓扑结构的似然率都为最大值，然后再挑出其中似然率最大的拓扑结构作为最优树。 特定的替代的模，远缘序列 很好的统计学基础，大样本时似然法可以获得参数统计的最小方差，在进化模型确定的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法. 所有可能的系统发育树都计算似然函数，计算量大，耗时时间长。依赖于合适的替代模型， BI 基因进化模型的统计推论法，通过后验概率直观反映出各分支的可靠性而不需要自检法检验 大而复杂的数据集 具有坚实的数学和统计学基础，可以处理复杂和接近实际情况的进化模型 对进化模型比较敏感，后验概率是建立在许多假说上，在现实中可能不成立 3 /phylip/software.html 系统发育树构建的软件 4 常见软件 软件名称 用途 DNAMAN 序列分析的综合工具 BioEdit 序列分析的综合工具 DNASTAR 序列分析的综合工具 MAFFT 多重序列比对工具 Muscle 多重序列比对工具 ClustalX 图形化的多序列比对工具;构建N-J系统树 Gblocks 冗余序列处理工具 jModelTest, ModelTest, ModelGenerator 进化模型选择工具 PHYLIP 集成的进化分析工具 MEGA 图形化、集成的进化分析工具 PAUP 集成的进化分析工具 PHYML, PAML, RAxML ML建树工具 MrBayes 基于贝叶斯方法的建树工具 TreeView 进化树显示工具 FigTree, Adobe Illustrator 进化树显示和编辑工具 5 系统发育树构建的过程 多序列比对 (MAFFT) 进化模型的选择 (ModelTest) 系统发育树的构建 (RAxML, MrBayes, PAUP) 系统发育树显示和编辑 (FigTree, Adobe Illustrator） 序列拼接 (Mega) 6 序列拼接 BioEdit Mega Seqman Contig Sequencer 7 多序列比对 http://mafft.cbrc.jp/alignment/server/ 8 速度： MuscleMAFFTClustal 比对准确性：MAFFTMuscleClustal 9 比对前 10 MAFFT 7.0 online alignmenthttp://mafft.cbrc.jp/alignment/server/index.html 11 12 13 14 15 PAUP软件使用流程 （系统树构建） 16 1. 将比对后的fasta格式文件转换成Nexus格式 2. 将paup命令粘贴到Nexus文件下方，在命令程序中指定外群，保存。 begin paup; log file=p_buffer.txt; pset collapse=minbrlen; [ctype 1.5_1:all;] set maxtrees=5000 increase=no;