蛋白质折叠的计算机模拟-中国分布式计算总站.PDFVIP

维普资讯 南京大学学报(自然科学) 第40卷 第5期 Vo1．40．No．5 2004年9月 JOURNALOFNANJINGUNIVERSITY Sept．，2004 (NATURALSCIENCES) 蛋白质折叠的计算机模拟 徐 恒“ (南京大学基础学科教学强化部，南京，210093) 摘 要：使用 格点朗之万模型和“(型”氨基酸相互作用模拟了4个小分子量快速折叠蛋白 质的折叠行为．从动力学和热力学两方面的探讨中，得到蛋白质CI2的折叠属于两态过程和蛋白 质CheY的折叠过程存在中间态和蛋白质 1BBL的折叠属于无势垒的“下山”式过程，而蛋白质片 断1BDD(第 10至第55残基)的折叠则是介于两态过程和“下山”式过程的中间类型．由于使用了 卡II14的模 ，物理机制上这些不同折叠类型显然来自蛋白质不同的天然态拓扑结构． 关键词：蛋白质折麓，计算机模拟，两 态，中间态，“下山”式，天然态拓扑结构 中图分类号：Q6，O41 ComputerSimulationonProteinFolding XuHeng (I~-partmentforIntensiveInstruction，NanjingUniversity，Nanjing，210093，China) Abstract： Weuseasimpleoff—latticeLangevinmode1andaCkliketx)tentia1betweentheaminoacidsto characterizethefoldingbehaviorsoffoursmallfast—foldingproteins(CI2，CheY，iBBLandtheresidues10to55 of1I3I)I))withkineticandthermodynamicanalysis．Thethenncx．tynamicquantitiesherearecalculatedbyusing themultiplehistogram technique．WefindthatProteinCI2isatwo-statefolderwithitsfoldingtrajectory switchesbetweenafoldedstatewithQ～08andanunfoldedstatewithQ～0．2atitsfoldingtransition temperature Itstime—eourseofthefoldingreactioncanbefittde withasingle—ext~onentialcurve．Itsspecifichaet hasasharppeakatthefoldingtransitiontemperatureanditsfreeenergyatthistemperaturehastwoextreme minimumvalues．ProteinCheYisathree—statefolderandanintennedlatestatearoundQ～0．5acnbeobserved． Adouble—ext~onentialcurvecanfititstime—coursequitewellandalocalminimum existsontheenergYbarrierof itsfreeenergybetweentwoextrememinimum valuesatitsfoldingtransitiontemperature