大白菜eIF(iso)4E.c基因hAT超家族活性转座子插入突变体的鉴别（英文）.DOCVIP

大白菜elF (iso) 4E.c基因hAT超家族 活性转座子插入突变体的鉴别(英文) 刘栓桃张志刚王立华李巧云赵智中卢金东王 淑芬徐文玲刘贤娴刘辰 山东省农业科学院蔬菜花卉研宄所/山东省设施蔬菜 生物学重点实验室/国家蔬菜改良中心山东分中心 转座子是基因组中一段可移动的DNA序列，其有时可以创造突变，也可以使突 变回复。在检测12份大白菜(Brassica rapa ssp. pekinensis)材料的真核土 物翻译起始因子异构体(isoform of eukaryotic translation initiation factor 4E, elE (iso) 4E. c)的基因组序列多样性时，从W份材料即大秦白 (DaQinBai)和826的elF (iso) 4E. c第3内含子中发现了 1个长达3 195 bp 的大插入片段。生物信息学比对发现，该大片段插入导致插入靶位点两侧有8 bp 的正向重复、同时大片段两侧有17 bp的反向重复，这一结构特征与h AT超家 族转座子非常吻合。在线工具预测发现，该大片段包含1个由两个外显子组成的 编码框，预测的编码产物是1个含DUF659结构域的蛋白，该结构域出现在很多 具有转座酶功能的蛋白中，由此推测该大片段是1个活动的转座子，由于其来 自大白菜自交系大秦白和826，故将其命名为BraD8。将BraD8的全序列在大白 菜基因组数据库(the Brassica database, BRAD)比对，发现在A04和A09上 有很多同源性高达80%以上的片段，长度介于2 00600 bp，这种组织结构非常类 似于玉米(Zea mays)的 Ac/Ds (activator/dissociation)转座系统。鉴于 Ac/Ds转座系统中Ds以多拷贝存在于基因组中的事实，木研宄分别在BraD8的 5’和3’端设计特异引物，以大白菜单拷W基因为内参，采用qRT-PCR方法，测 定了 12份大白菜材料屮BraD8的5’和3’端的拷贝数。结果表明，不同材料屮 5’和3’端的拷贝数存在显著差昇，在大秦白中，BraD8的5’和3’仅有少数几个 拷贝，而在826中BraD8的5’和3’端则大约分别有19和45个拷贝；另外，在 73和06-247中只有3’端、而322, 8407, 71-3-62和T03基因组中则5’和3’ 端都没有检测到。这些结果暗示，大白菜中的BraD8及类似结构就是属于h AT 超家族的Ac/Ds转座系统，该研宄将为今后BraD8及类似结构在人白菜转座子标 签方面的研宄提供借鉴。 关键词： 大白菜;活动hAT超家族转座; BraD8/BraD8-类元件;转座了插入突变;真核 土物翻译起始因子异构体(elF (iso) 4E. c); 赵智中，zhaozhizhong454@163. 基金：山东省重点研发计划(No. 2017GNC10124) Identification of an Active hAT Superfamily Transposon Insertion Mutation in elF (iso) 4E. c of Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis) LIU Shuan-Tao ZHANG Zhi-Gang WANG Li-Hua LI Qiao-Yun ZHAO Zhi-Zhong LU Jin-Dong WANG Shu-Fen XU Wen-Ling LIU Xian-Xian LIU Chen Vegetable and Flower Institute of Shandong Academy of Agricultural Sciences， Shandong Branch of National Center for Vegetables Improvement， Shandong Key Laboratory for Biology of Greenhouse Vegetables; Abstract： Transposon is a DNA sequence that can change its position within a genome and sometimes creat or reverse mutations. During the cloning of Chinese cabbage (Brassica rapa ssp. pekinensis) isoform of eukaryotic translation initiation factor 4E (e TF (iso) 4E. c)，a large DNA fragment with 3 195 bp was