分子生物学技术在肠道微生态研究中的应用.pdfVIP

HeilongjiangAnimalScience 14 andVeterinaryMedicine No10 2009 分 子生物 学技术在肠道 微 生态研 究 中的应 用 李 景，王素英，周 鑫 (天津商业大学 生物技术与食品科学学院天津市食品生物技术重点实验室，天津 300134) 中图分类号：$852．6 文献标识码 ：A 文章编号：1004—7034(2009)10—00l4—03 关键词 ：肠道微生态；RFLP；SSCP；PCR—DGGE／TGGE；ERIC—PCR；核酸分子杂交；基 因芯片技术 摘 要：肠道菌群对动物的营养、生理、免疫等方面起重要作用，其组成、结构、稳定性及与生理功能的 关系已成为探讨食物如何通过肠道微生物影响人体健康的关键。文章旨在总结与分析现代分子生物 学技术如RFLP、SSCP、PCR～DGGE／TGGE、ERIC—PCR、核酸分子杂交和基因芯片技术在肠道微生 态研究中的优缺点，为深入研究肠道微生态提供了快速、准确 、可行的方法。 为了充分了解肠道菌群的多样性，把握肠道内环 一 种末端限制性片段至少代表一种细菌。因此，只要 境变化对菌群的影响，阐明食物、药物与肠道菌群、人 选用合适的 目的基因片段，末端标记限制性片段长度 类健康之问的关系，为保健食品和药物研制提供理论 多态性技术就可用于微生物群落结构的分析。 依据，近年来人们将原位生态研究的分子生物学技术 当前关于末端标记限制性片段长度多态性技术 应用到 胃肠微生态研究中，创造了以16SrDNA和肠 的资料是用它来进行细菌群落结构的分析及不同群 杆菌基因间重复共有序列(ERIC)为分析对象的多种 落结构间的比较，其中以调查土壤中及经济动物体内 试验技术，文章对大量的相关文献资料进行归纳，试 细菌群落的构成为主。LiuW T等将 6种已知菌混 图总结各种技术的应用范围和优缺点，旨在为该领域 和在一起组成模拟的群落，经末端标记限制性片段长 研究工作者提供新的研究手段和技术，以实现肠道微 度多态性技术分析后获得了6种 TRF片段，验证 了 生态研究的快速发展 。 该方法，表明该方法是 目前分析细菌群落结构的强 1 以16SrDNA为分析对象的分子生物学技术 有力工具。RocaMC等应用限制性片段长度多态性 1．1 限制性片段长度多态性技术(RFLP) 技术，以PCR—RFLP片段数量为微生物菌群多样性 限制性片段长度多态性技术的基本原理是用限 指标 ，分析了不同类型的不易消化碳水化合物对处于 制性内切酶酶切綦因组 DNA，产生大小不等的DNA 生长期的猪结肠内微生物菌群多样性的影响，发现添 片段，通过电泳和 Southern印记转移到支持膜上，利 加甜菜渣和粗玉米的饲料能调节猪结肠 内微生物菌 用同位素或非同位素标记的某一片段 DNA作为探 群并保持其稳定性。 针，使酶切片段与探针杂交，从而显示与探针有同源 作为一种技术，末端标记限制性片段长度多态性 序列的酶切片段在长度上的差异，可能是限制性内切 技术有其 自身的缺陷。首先该技术依赖于PCR和限 酶识别位点的改变，也可能是部分片段的缺失、插入、 制性酶切技术，当近缘种微生物在扩增片段靠近荧光 易位、倒位等，进而显示出丰富的多态性 。 标记端的切点一样时，该技术无法区分出这些近缘 在此基础上又发展了末端标记限制性片段长度 种，因此在末端标记限制性片段长度多态性技术的 多态性技术 (T—RFLP)，引物的5端用荧光物质标 峰值图上，一个峰代