[理学]第10章微生物的分类鉴定.pptVIP

用反转录酶和双脱氧测序法对微生物培养物进行测序的步骤 16S rRNA系统发育树 系统发育树 系统发育树 系统发育树 2、核酸的分子杂交 不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间 亲缘关系的远近，碱基排列顺序差异越小，它们之间 的亲缘关系就越近，反之亦然。 直接分析比较DNA的碱基排列顺序 ------由于技术上的困难目前尚难以普遍地进行； 核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA 碱基排列顺序的相似性 1）DNA-DNA杂交； （亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较） 2）DNA-rRNA杂交； （亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较） 3）核酸探针； （利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定） 特异性的探针主要用于 病原微生物的快速鉴定 3、电子杂交 随着微生物基因信息，特别是全基因组完全测序的不断增加，我们可以通过各种计算机软件对不同物种的遗传信息进行直接比较，从而分析不同微生物间的亲缘关系。 蛋白质、RNA和DNA序列进化变化的显著特点是进化 速率相对恒定，也就是说，分子序列进化的改变量 (氨基酸或核苷酸替换数或替换百分率)与 分子进化的时间成正比。 4、16S rRNA编目分析 a）在两群生物中，如果同一种分子的序列差异很大时， ------------进化距离远，进化过程中很早就分支了。 b）如果两群生物同一来源的大分子的序列基本相同， ------------处在同一进化水平上。 16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16SrRNA分子中，有高度保守、中度保守和高度变化序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究； 3）16SrRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16SrRNA普遍存在于真核生物(同源分子是18SrRNA)和原核生物中。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 4、16S rRNA编目分析 核糖体RNA 利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家 Carl Woese rRNA和系统发育树 1. rRNA的顺序和进化 培养微生物 提取并纯化rRNA rRNA序列测定 分析比较 微生物之间的系统发育关系 （从cDNA序列得出） 用PCR法进行rRNA测序 a 代表16SrRNA的全长 c 系统发育树 b 进化距离，即任意两个生物RNAs间非同源序列的比例 2. 特征序列或序列印记（signature sequence） 通过对r RNA全序列资料的分析比较（特别是采用 计算机）发现的在不同种群水平上的特异特征性寡 核苷酸序列，或在某些特定的序列位点上出现的单 碱基印记。 特征序列有助于迅速确定某种微生物的 分类归属，或建立新的分类单位。 定义3种生物领域的16S 或 18S rRNA的序列特征 3. 系统发育树(phylogenetic tree) 通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为 分子系统树，其特点是用一种树状分枝的图型来概括各 种(类)生物之间的亲缘关系。 图型中，分枝的末端和分枝的连结点称为结(node)， 代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。系 统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度 变化来表示分子序列的差异数值。 16 S r RNA系统发育树 * * 第十章 微生物的分类和鉴定 地球上开始出现生命，主要是些类似简单杆状 细菌的原始生物。 大约46亿年前，地球形成； 大约35亿年前，通过“前生命的化学进化”过程 漫长的进化历程 千姿百态的生物种类 形成于35亿年前的微生物化石 主要是些类似简单杆状细菌的原始生物 形成于8.5亿年前的微生物化石 20亿年前以后的岩石中的微生物的化石形态多样性明显增多 形成于10亿年前的微生物化石 形态上非常类似于现代的蓝细菌， 进行不产氧光合作用的光能自养 菌，及化能无机营养的硫细菌。 形态上类似于现代的绿藻（真核生物） 微生物分类学的基本任务： 对已知的大量的提炼出分类单元 1、分类 2、鉴定 3、命名 给新发现物种命名（一般用拉丁语） 对未知的个别的进行鉴定，归入分类系统 一 分类单元 界（Kingdom） 门（Phylum或Division） 纲（Class） 目（Order） 科（Family） 属（Genus） 种（Species） 第一节 通用分类单元 二 种的概念 动物的种：凡两个能互相交配产生具有有性生殖能力的物种。 微生物的种：是最基本的分类