[自然科学]基于新一代测序技术的动植物研究科研思路.ppt

基于新一代测序技术的动植物研究科研思路 动植物研究方向业务线 2011.03 测序技术发展史 第三代测序 技术 SMRT 以高通量、低成本为特征的第二代测序技术从2005年开始相继出现，分别为454、Solexa、Solid。而Illumina公司推出的Solexa测序技术是第二代测序技术的首选。 全基因组测序 重测序 RNA研究 表观基因组研究 蛋白质组研究 基因组测序的时代已经来临 全球基因组测序研究趋势 基于基因组学的系统研究 带动系统研究 挖掘基因资源 加速下游产业发展 一个物种基因组计划的完成，就意味着这一物种学科和产业发展的新开端。 华大基因组研究发展史 第一阶段 第二阶段 第三阶段 第四阶段 我们准备好了 …… Hiseq2000 137台 3000G/天 超级计算机: 102 T flops, 10 PB 1500名生物信息学分析人员 100名资深项目专家 1500名实验和服务人员 125个在线全基因组图谱项目 30个完成精细图绘制 SOAP de novo —华大自主研发的短序列组装软件 全基因组测序的研究 基因组测序分析：不需要任何参考序列对某个物种全基因组测序，并用生物信息学方法进行分析，获得该物种的基因组序列图谱。 基因组序列普查 基因资源挖掘 建立全基因组水平研究平台 群基因组测序分析：对科属内多个物种的基因组进行测序，揭示同科或同属内多个个体基因组序列的集合。 发现物种差异及种间保守的功能元件 理解物种形成和分化的机制 积累遗传多样性的知识 进一步揭示分子进化机制及其与自然选择的关系 基因组测序分析 实验设计 Ruiqiang Li, Wei Fan, et al. The complete genome sequence of the giant panda. Nature, 2010, 463, 311-317 中科院动物研究所 华大基因 案例1 —大熊猫基因组 进化分析 案例2—印度跳蚁和弓背蚁的基因组文章 华大基因 亚利桑那州立大学 ——蚂蚁成为继蜜蜂后第二种被破译基因组序列的社会性昆虫 Bolton R, Zhang G, et al. Genomic comparison of the ants Camponotus floridanus and Harpegnathos saltator. Science, 2010, 329: 1068-1071. 基因组差异比较 非编码区域重复序列： 弓背蚁约15%，印度跳蚁约27%。 大片段重复（SDs）： 弓背蚁为9.6% 印度跳蚁为14.8% 同心圆从外向里依次是： A基因密度；B共线性关系； C同源物种；D为G+C含量%（0-70）； E转录组（0-100）；F重复度（0-50%）； G为SD识别区（0.8-1.0）； 重复序列 整体情况 基因可变剪切 蚂蚁中大约有27%（弓背蚁）和35%(跳蚁)的基因有不同可变剪切形式。远低于人的95%，接近果蝇中的比例（40%）。 其中与脊椎动物不同的是，蚂蚁中Retained-intron形式的可变剪切占较多数，而且A3SS和A5SS也占相当大的比例。 具有可变剪切的基因多为调控基因。 基因家族进化 四个膜翅目昆虫（弓背蚁，跳蚁，意大利蜜蜂、金小蜂）均具有大量的特异基因家族。 红火蚁 阿根廷蚁 切叶蚁 其他4种蚂蚁基因组文章 红色收割蚁 17 红火蚁 蚂蚁种类 基因组大小 测序方法 发表期刊 在线发表时间 印度跳蚁 佛罗里达弓背蚁 弓240Mb 印330Mb Illumina Science 2010-8-27 红火蚁 352.7Mb Roche 454 Illumina PNAS 2010-12-8 红色收割蚁 235Mb Roche 454 PNAS 2010-12-9 阿根廷蚁 215.6Mb Roche 454 Illumina PNAS 2011-1-11 切叶蚁 290Mb Roche 454 PLoS Genetics 2011-2-10 蚂蚁基因组文章概要 研究思路比较 19 Genome sequence of the palaeopolyploid soybean 案例3 —栽培大豆与野生大豆 基因组测序 Whole-genome sequencing and intensive analysis of the undomesticated soybean (Glycine soja Sieb. and Zucc.) genome de novo测序 PNAS 2010-10-29 Nature 2010-1-14 全基因组测序，与栽培大豆比对 de novo组装 vs 栽培大豆 野生大豆 栽培大