代谢组学技术简介及其在医学中的应用.ppt

代谢组学介绍 从狭义上来讲，代谢组学是通过比较对照组和实验组的代谢组（metabolomes， 某一生物的所有代谢物组分），以寻找其代谢谱差异的研究方法。 1、样品数量 PCa（前列腺癌）： 20例 尿液 正常对照：20例 尿液 2、图谱 原始基峰离子(BPI)色谱图，初步观察仪器的保留时间重现性，观察测得的物质数量，不同组之间的色谱图的差异。 3、PCA分析 4、模型判别（ROC曲线、PLS/OPLS-DA判别） 4、差异物质筛选 1）T-test的p值（阈值0.05） 2）PLS-DA模型第一主成分的VIP（Variable Importance in the Projection）值（阈值1），并结合学生氏t检验(t-test)的p值（阈值0.05）来寻找差异性表达代谢物。 3）通过OPLS-DA分析各代谢物相应的相关系数，然后与相应的相关系数临界值表进行比对，得到引起组间差异的代谢物。 利用关键词搜索：“lung cancer”[title] AND (“1980/01/01”[PDAT] : “2010/03/25”[PDAT])，获得37563 篇相关文献。 与肺癌相关gene共有421个，具体列表： 与肺癌相关421个基因的gene ontology分析： 与肺癌相关421个基因的Pathway分析： 与肺癌相关421个基因的gene network分析： miR-21靶基因分析 miR-21靶基因与NLP结果整合分析 原始的句子，提取出来的基因信息。有的时候会有一些客户关心的基因没被找到，返回给我们，做进一步修正 * 报告结束，谢谢 * 除了发文章，写综述，写书。文献挖掘还能用来申请基金。 立项依据，研究内容，研究方面是基金申请书中重要的部分，文献挖掘的结果对写这几部分的内容很有帮助。我简单的介绍一下，比如说你做肝癌，文献挖掘就能把肝癌所有相关的基因，以及这些基因参与的代谢通路找出来，这个也算是对研究背景的调研。 找到创新点：比如说你有实验的数据，把这两份数据做个交集，就能发现一些新的基因，新的代谢通路等等 有了这写新的发现，就可以指导我们更好的设计实验方案，而且文献挖据作为方法学也可以写进研究方案里面，丰富我们整个方案的设计 除此以外，也可以用于项目结题 * 上面一个案例只是得到疾病相关基因的列表。我们还可以对这些基因做功能分析，比如说GO，pathway.然后选出一些显著的代谢通路及基因。有了这个结果之后就可以依课题的需要，自由发挥了。这个案例是这样子的s，我们的客户想研究microRNA21在肺癌发生中主要作用于哪些基因，以及这些基因通过哪些代谢通路来作用于肺癌发生过程。他的整个思路是这样子的。以肺癌发生为关键词收集到所有的文献摘要，然后用文献挖掘系统找出所有相关的基因，做功能分析，挑选出关键基因及通路，这个基因集一。然后呢，用软件预测工具，找出microRNA21相关的所有靶标基因，为基因集二。第三步，对这两个基因集求overlap，这些基因做网络，得到24个关键基因。如图所示。文章影响因子2.2，整个研究过程中，没有做任何实验。 * 原始的句子，提取出来的基因信息。有的时候会有一些客户关心的基因没被找到，返回给我们，做进一步修正 * 原始的句子，提取出来的基因信息。有的时候会有一些客户关心的基因没被找到，返回给我们，做进一步修正 * 原始的句子，提取出来的基因信息。有的时候会有一些客户关心的基因没被找到，返回给我们，做进一步修正 * 原始的句子，提取出来的基因信息。有的时候会有一些客户关心的基因没被找到，返回给我们，做进一步修正 * 各位老师，好。我是来自敏芯信息科技有限公司的技术经理，我叫张玲芳。很高兴也很感激各位老师能抽空来听我的报告。不知道各位老师跟我们公司有能有合作过，了解我们公司吗？待会我会简单的给大家介绍一下我们公司。今天我会重点介绍一下我们的文献挖掘系统。 * 在介绍文献挖掘系统在基金申请中的应用之前，我想先描述基金标书的各项内容，进而解释敏芯文献挖掘系统在基金申请中的作用。 写标书—最关键的环节。由以上几项组成，摘要，立项依据及研究内容，研究基础及工作条件，还有其它，这里就不列 立项依据主要是项目的研究意义。。。 从不同。。。。明确的研究内容 设计技术路线，并做可行性分析 创新 列举我们前期的研究成果 * 关系是这样的。摘要是整个标书的纲要，总结 立项依据，研究基础，工作条件。。。是基础 立项依据，关键，核心。。后续的研究内容，方案等都是基于此 原因：国内外现状的分析，研究热点，尚未解决的问题，加上我们的基础研究，提出我们拟解决的问题，并做出假说 在此基础上才好开始后续的内容。。。。 文献挖掘能在立项依据及研究基础这两项上提供帮助,为什么这么说呢 * 文献挖