连锁不平衡检定Linkagedisequilibriumtest-中国医药大学生物统计.PDFVIP

連鎖不平衡檢定(Linkage disequilibrium test) ：TDT 陳錦華 助理教授 每個人細胞中的基因訊息是由上一代得來的，此 訊息分布在染色體（ chromosome ）上，而人體的 細胞有 23 對染色體，每對染色體一條來自父親， 一條來自母親。而當細胞進行減數分裂（meiosis ） 時，使得染色體發生交叉而產生 基因片段互換 （recombination ）的現象 ，因此染色體上的兩基 因座（ locus ）距離較近時，則經過重組後，兩基 因座位於同一條染色體的可能性較高， 進而同時 傳遞（或不傳遞）給下一代，此時我們稱之為＂ 連鎖＂（Linkage ）；若兩基因座距離較遠時，則 組重組後則較可能不在同一條染色體 上，而子代 只會接受到一個基因座的訊息 。可說，其互換發 生的可能性（互換率，recombination fraction ）和 兩基因座的距離呈正比（圖一 ）。我們在執行基 因定位（ mapping ）工作時，可利用這樣的特性， 來尋找可能的致病基因座或稱候選基因 座 （candidate locus ），即為連鎖分析及相關分析 （Linkage analysis and association analysis ），也 是大家所關心的問題之一 。 圖一、基因片段互換 我們有興趣的問題：尋找與標誌基因座（marker locus ）產生連鎖效應的可 能致病基因。若標誌基因座的位置和致病基因座相當靠近，使得在互換的過程， 皆傾向產生連鎖效應，而同時傳遞給下一代，即二基因座是處於連鎖不平衡 （linkage disequilibrium ），表示患病者帶有此標誌基因的頻率高於正常者。相對 而言，所謂基因座間達到連鎖平衡即可視為兩基因座是獨位事件的，其相互連鎖 或不連鎖的機率相等 ，即患病者帶有此標誌基因的頻率和正常者沒有太大的差異 存在 。 中國醫藥大學 生物統計中心 在進行連鎖不平衡檢定時，為了避免因族群的異質性所產生的偽相關，常用 的方法之一，是利用染病子代和親代三元體家庭（ case-parent triad family ）資料， 可解決因干擾因素而影響分析結果。若特定標誌基因座 上的對偶基因（ allele ） 為A及 a ，我們收集染病的小孩、父、母親的標誌基因座的基因型（genotype ） 資料，分析傳遞及不傳遞的情形。 例如：資料如表一，由小孩的基因型可知，A 來自父親，故父親的基因型（AA ） 中，其中一個 A 為傳遞另一個A 為不傳遞，因此可記錄於表二中(1)處；小孩的 基因型中，a 來自於母親，故母親的基因型為Aa ，A 為不傳遞，a 為傳遞，可記 於表二中(2)處。因此染病小孩為 AA ，則父親的基因型記錄於表二(3)處，母親的 基因型記錄於表二(1)處。 表一： 染病小孩的基因型 父親的基因型 母親的基因型 Aa AA Aa AA Aa AA    表二： 傳遞 不傳遞 A a A (1) m1 (2) m2 m1 + m2 a (3) m3 (4) m4 m3 + m4 m1 + m3 m2 + m4 2n 若共收集了 n個家庭的資料，則表二的資料總個數為 2n ，因為父母親的基因型 中各有兩個對偶基因。事實上，表二中的 (2