[研究生入学考试]08-酶-4.pptVIP

邻近效应与定向效应变分子间反应为分子内反应。 邻近效应：酶与底物形成中间复合物后使底物之间、酶的催化基团与底物之间相互靠近，提高了反应基团的有效浓度。 定向效应：由于酶的构象作用，底物的反应基团之间、酶与底物的反应基团之间正确取向的效应。 酶把底物分子从溶液中富集出来，使它们固定在活性中心附近，反应基团相互邻近，同时使反应基团的分子轨道以正确方位相互交叠，反应易于发生。 酶部分残基侧链作为亲核基团或亲电基团，与底物形成一个反应活性很高的共价中间物。 金属酶（metalloenzyme): Fe2+、Cu2+、Zn2+、Mn2+、Co3+ 金属-激活酶（metal-activated enzyme): Na+、K+、Mg2+、Ca2+ （1）通过结合底物为反应定向 （2）通过自身价数的改变参加氧化还原反应 （3）屏蔽底物或酶活性中心的负电荷 ⑴ 疏水环境 介电常数低，加强极性基团间的作用。 ⑵电荷环境 在酶活性中心附近，往往有一电荷离子，可稳定过渡态的离子 丝氨酸蛋白酶的作用机理 ? Ser 195 His 57 Asp 102 H–O–CH2 O C–O - = Active Ser H–N N C C C H H CH2 Ser 195 His 57 Asp 102 - O–CH2 O C–O–H = N N–H C C C H H CH2 丝氨酸蛋白酶家族具有类似的Ser-His-Asp催化三联体（电荷中继网） P405 组氨酸的咪唑基受pH影响大 H–N N C C C H H H+ pH 6 pH 7 + H–N N–H C C C H H Inactive + Ser 195 His 57 Asp 102 H–O–CH2 O C–O - = H–N N–H C C-H C CH2 H Asp102 His57 Ser195 Catalytic Triad H H Chymotrypsin 顺序式催化反应 A1 N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O Check substrate specificity Asp102 His57 Ser195 H H N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O First Transition State Chymotrypsin 顺序式催化反应 A2 H H N C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O Acyl-Enzyme Intermediate Chymotrypsin 顺序式催化反应 A3 H N-H C C N [HOOC] H O C C N C C [NH2] C O H O H Acyl-Enzyme Water Intermediate Chymotrypsin 顺序式催化反应 D1 H O O C C N C C [NH2] C H Second Transition State O H Chymotrypsin 顺序式催化反应 D2 H O C C N C C [NH2] C O O H 脱酰作用Deacylation H Chymotrypsin 顺序式催化反应 D3 酶可使用类似的反应基质 O -C N- H O -C O- Peptide bond Ester bond O CH3–C–O– –NO2 Nitrophenol acetate HO– –NO2 O CH3–C–OH Hartley Kilby Chymotrypsin + H2O 硝基酚Nitrophenol 醋酸盐Acetate 专一性的形成 ■ Trypsin 一族： chymotrypsin, elastase ... Serine protease → 催化机制相同 专一性不同 ● 改变专一性结合区可改变基质专一性 [Science] chymotrypsin (Ser189) → trypsin (Asp189) 演 化 Ser蛋白酶家族的专一性不同 p408 COO- C Asp 活性中心的底物结合部位不同，底物专一性也不同。 Trypsin Chymotrypsin Elastase 切 Lys, Arg 切 Trp, Phe, Tyr 切 Ala, Gly Non-polar pocket Deep and negatively charged pocket Shallow and non-polar pocket O O –C–N–C–C–N– C C