生物信息学bioinf5.ppt

* 五、多序列对位排列分析和系谱分析 主要应用于分析基因或蛋白质的进化 通过分析多个基因或蛋白质序列之间的同源性确定它们在进化上的关系 分析基因或蛋白质的功能 1. 多序列对位排列分析 （multiple sequence alignment) 两条以上序列的对位排列分析 反转录转座子的反转录酶序列片段 核苷酸序列或氨基酸序列 可以发现保守的结构域（重要功能位点？） 多序列排列时允许插入空位 ClustalW：目前公认的的最好的进行 Multiple sequence alignment 的方法之一 Internet 上的许多网站具有ClustalW分析软件 可以下载 对要分析的序列的输入格式有要求，FASTA（Pearson）格式 sequence 1 ATTGCAGTTCGCA …… sequence 2 ATAGCACATCGCA…… 分析方法（举例） 在Swiss Institute Bioinformatics（SIB）的EXPSY分析主页（http://www.expasy.ch）的“Tools and software package” 栏目中点击“Alignment” 在“Alignment” 网页的Sequence alignment－Multiple－CLUSTALW栏目中选择“MAFFT”分析方法 多序列对位排列结果 在MAFFT网页粘贴序列 可修改分析参数 在MAFFT 网页的 “Advanced settings”部分的“Strategy”栏目选择序列对位排列分析方法 在“Parameters”栏目修改其它参数 在“Mafft-homologs”栏目选择是否同时进行BLAST分析（只能检索蛋白质数据库） 部分参数定义 Gap opening penalty：增大数值使 gap 数目减少 Gap extention penalty：增大数值使 gap 长度变短 Weight transition：A－G 转换或 C－T 转换（multiple DNA sequence alignment） Hydrophilic gap：选择“ on” 将增加形成 gap 的机会（multiple protein sequence alignment） Residue-specific gap penalties：选择“ on” 将增加在某些氨基酸残基处形成 gap 的机会，而减少在另一些氨基酸残基处形成 gap 的机会（multiple protein sequence alignment） 可进一步对排列好的序列进行修饰（1） Boxshade （/software/ BOX_form.html）功能，突出相同或相似位点 在多序列对位排列结果网页复制Fasta格式的序列排列结果 在“Boxshade”网页粘贴序列，在“Input sequence format”栏目选择“other”，在“Output format”栏目选择“RTF_new” 修饰过的排列结果 在结果网页点击“here is your output number 1” 可进一步对排列好的序列进行修饰（2） 在EBI的ClustaW分析网页（http://www.ebi.ac.uk/ clustalw/index.html）输入序列 “ClustalW Results”网页展示多序列对位排列结果 点击“Show Colors”用不同颜色的字母展示对位排列结果 颜色修饰 功能，突出相同或相似位点 2. 系谱分析（Phylogenetic analysis) 分析基因或蛋白质的进化关系 系谱树（phylogenetic tree） 有根树（rooted tree) 无根树（unrooted tree） 分析方法（举例1） 在EBI的ClustaW分析网页（http://www.ebi.ac.uk/ clustalw/index.html）输入序列 “ClustalW Results”网页展示多序列对位排列结果 点击“View Guide Tree” 显示Cladogram Tree 点击“Show as Phylogram Tree”展示Phylogram Tree 分析方法（举例2） 用TreeView软件分析（在http://taxonomy.zoology. gla.ac.uk/ord/treeview.html下载软件） 在EBI的ClustaW分析网页（http://www.ebi.ac.uk/ clustalw/index.html）输入序列 “ClustalW Results”网页展示多序列对位排列结果 将“Guide tree file”以.dnd格式保存 打开TreeView软件，open以.dnd格式保存的