DNA计算与生物数学.pdfVIP

科技文化：專　論 DNA計算與生物數學 ● 孟大志　陸薇 二十一世紀是生物學的世紀，以 「人類基因組計劃」拉開序幕。這項計劃將 2003 DNA 在 年前完成人類脫氧核糖核酸 （ ）全部序列的精確圖，從此生物科學將 進入破解這部天書的 「後基因組時代」。破解這部天書，就是要讀懂DNA序列上 怎樣編碼產生生命的全部資訊，而從數學角度說，就是理解生命是如何通過 DNA序列的資訊而被 「計算」出來的。從這個角度來看，DNA計算是非常值得關 注的新學科。DNA計算誕生於1994年11月，作為新學科，它的意義在於DNA可 以作為計算的介質而用於解決數學問題，這是真正意義上的生物數學——生物是 計算工具，而人類的數學問題是計算的目的。這完全不同於以往科學文獻中那種 以數學為工具、以生物學問題為目的的「生物數學」或「數學生物學」概念。DNA計 算之所以受到科學界關注，是因為它預示嶄新的經濟可能：創造本質上並行的 DNA電腦，其運算速度、能耗效率及存貯密度都具有極為可觀的優越性。 一　新的計算概念：阿德勒曼的構想與實驗 1994 11 Leonard M. Adleman Science 年 月，阿德勒曼 （ ）在《科學》（ ）雜誌上發 表論文1 ，第一次提出人類用生物材料作計算物質以解決數學問題的思路，即所 Hamiltonian Path Problem HPP 謂 「哈密爾頓路徑問題」（ ，簡稱 ）。其要義是：在由 有限個頂點與連接頂點之間、一個有方向的路徑所組成的網路圖中，是否存在 一條可以走遍全部頂點、且每點只經過一次的路徑？郵遞員的最佳投遞路徑， 或者飛機航線的確定等都可以歸結為哈密爾頓路徑問題。 奧馬哈 以飛機航線的選擇可以形象地說明哈密爾頓路徑問題。圖中每一個頂點 西雅 圖 阿爾伯尼 代表一個機場，箭頭表示飛機從一個機場到另一個機場的方向。要求飛 機從起點 （設定弗雷斯諾機場）到終點 （設定波士頓機場），必須經過圖中 波士頓 的每一個機場一次而且僅僅一次，確定符合這個要求的航線，用圖論的 語言來說，就是確定 「哈密爾頓路徑」。如果機場（頂點）的數量很少，可 弗雷斯諾 用窮盡搜索所有可能航線的方法求解。但頂點的數量如果增多，需要搜 索的路徑會以指數級別增加，構成一個數學難題。 達拉斯 阿特蘭大 （資料來源：/new-in-math/cover/dna-abc2.html） 二十一世紀雙月刊　2001年12月號　總第六十八期 106 科技文化：專論 阿德勒曼實驗是為了解決哈密爾頓路徑問題，這是一個數學難題，屬於NP NP-Complete Problem NP 完全問題 （ ）。所謂 問題是指在非多項式計算時間 內能計 算完成的問題，也稱複雜性問題。而NP完全問題是這類問題中具有典型意義的 NP exhaustive search 一種。在理論上， 完全問題可以用 「窮盡式搜索」（ ）來解決， oriented graph