志贺氏菌病.pdfVIP

福氏志贺菌2a 301株基因组分析及耐药机理研究 The genomic analysis and resistance mechanism research in Shigella flexneri 2a strain 301 组员：闫大为 朱 阵（报告人） 许金鹏 李 朋 研究背景 De novo测序 重测序 耐药基因分析 研究背景 志贺氏菌病 志贺氏菌病又称细菌性痢疾，是由志贺菌引起的 一种急性肠道传染病，具有高度传染性和严重危害性， 主要易感人群为5岁以下儿童和免疫障碍人群。我国以 福氏志贺菌2a血清型为优势流行菌群。 临床表现 腹痛、腹泻、粘液性脓血便、发热，严重患者还 可能伴随有肾脏衰竭和神经毒性等危及生命的症状。 研究背景 耐药现状 目前福氏志贺菌已经发展为1a, 1b, 1c, 1d, 2a, 2b, 2v, 3a, 3b, 4a, 4av, 4b, 4c, 5a, 5b, X, Xv, Y, Yv, 6, 7b等21个血清 型，对于志贺菌病的主要以预防为主，一旦发病通常 依赖抗生素治疗，这必然带来耐药菌株的流行与传播。 研究发现近30年来志贺菌对多种广泛使用的抗生 素均表现出不同程度的耐药性：四环素、氯霉素、链 霉素等传统使用的抗生素对福氏志贺菌已基本失效， 氟喹诺酮类和三代头孢类被认为是治疗志贺菌病少数 有效药物。 因此对耐药基因的鉴定与耐药机理研究具有重要 的临床意义。 de novo测序及基因组分析 测序流程 测序结果 通过Illumina Hiseq2000测 序平台，共产出732 Mb数据。 经组装得到基因组大小为4.66 Mb，共含有28个scaffold，95个 contig 。基因组组分分析后发现， 基因组含有4,832个基因。并测 得78个串联重复序列，44个小 卫星序列，11个微卫星序列， 102个tRNA ，16个rRNA 。 基因组环形图 3、耐药诱导菌株重测序 由外至内： 第一圈表示基因组序列； 第二圈表示负链的COG注释基 因分布； 第三圈表示正链的COG注释基 因分布；