蛋白质体学报告.docVIP

蛋白質體學報告 STRUCTURE DATABASE 生科四 12號 李佩曄P90~P99 生科四 50號 許秀惠P99~P106 生科四 61號 郭昱辰P83~P90 STRUCTURE DATABASE INTRODUCTION TO STRUCTURE 這章介紹生物分子結構是從藉由強調3D結構序列的生物資訊perspective(透視畫法)得知，這章的主要目的是向讀者報告結構database的內容，以及如何處理或有時由軟體去處理此資料。 蛋白質和核酸結構的影像變成生化教科書和研究文章的普遍特徵，而這個影像主要可由X光晶體繞射或者是由nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopists，而這些結構資訊可能提供了關於蛋白質功能重要的資訊。而對此Protein Data Band（PDB）從Brookhaven National Laboratories 移到Research Collaboratory for structure Biology。此將對生物學的改變造成衝擊。 The Notion of Three-Dimensional Molecular Structure Data 讓我們開始一個智力的訓練在於一個biopolymer之Three-Dimensional結構 Data的紀錄，例如myoglobin 詳細的Three-Dimensional ball-and-stick model。我們可藉由其序列得到Three-Dimensional model 的backbone，從N-端開始由和20個胺基酸的化學結構比較其每個residue atomic structure。 一旦將序列寫下，我們可製出biopolymer所有原子的 Two-Dimensional sketch、element symbols、and Bond可能佔有的部分，在畫出他的化學Three-Dimensional結構之後，我們可以紀錄Three-Dimensional data藉由orthogonal axis system 從一些原點到每一個原子的距離，這將可以提供x-,y-,and z-axis到每個原子的距離在ball-and-stick model structure，而下個步驟則是使所有的(x, y and z)協調的連結去定義每個原子。 而這個實驗使我們對於Three-Dimensional structure database 的紀錄更有概念，有兩件事是我們必須注意的，每個原子在空間中的1.化學結構及2.位置。 Coordinates、Sequence、and chemical Graphs Coordinates data 為分子原子在空間中座落的位置，這些資料是由x,y,z沿著空間中每一條axis來呈現的，我們可以直接從sequence推斷biopolymer molecular 的化學性連接，包含其原子及鍵結，並且也可以利用sequence的資訊來製作Three-Dimensional structure 的chemical graph。 當我們根據sequence所呈現的Three-Dimensional、原子、鍵結來製圖時，通常要遵從textbook顯示的residue之化學結構，以避免忘了methyl group， Fig.1. The insulin structure Atoms、Bonds、and Completeness Molecular graphics visualization software 實行精確的connect-the-dots過程製造蛋白質結構的圖形，如圖1中Insulin的結構圖。 研究原子和鍵結的紀錄有時我們叫做chemistry rules approach，這個規則是一種化學的物理規則觀察，例如平均穩固的C-C鍵之間的長度為1.5 angstroms。利用這個規則便可以個別的C原子之間的single bond 為1.5 angstroms。因此我們便可以忽略bond，使一個完美且完整的結構可以被紀錄且不需鍵結的資料。而PDB的格式是缺少biopolymer 的鍵結資訊，因此在PDB檔案中的bounding是交給程式去決定，而且結果在他所畫的鍵結會是不一致的，特別是在不同algorithms。 Explicit bonding approach，此方法是使用在Molecular Modeling Database(MMDB)的Database的紀錄，在Molecular Modeling Database(MMDB)系統the data是包含了explicit bonding approach 的information，Mole