生物信息学-第一章-生物信息学概述.pptVIP

大规模测序基本策略 逐个克隆法：小片段针对图谱的！！ 全基因组鸟枪法：大片段-测序-组装（美国Celera公司） Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区,从而连接成的长片段。 A B C D E F G H I J K L CONTIG GAP 基因组比较 蛋白质结构 蛋白质序列 蛋白质功能关系 核苷酸序列 高通量测序技术 注释、解析 预测 验证 基于生物信息学的新药设计 基因组 数据库 蛋白质 序列 数据库 蛋白质 结构 数据库 DDBJ EMBL GenBank SWISS-PROT PDB PIR （1）生物分子数据的收集与管理 生物信息学的主要研究内容 EMBL欧洲分子生物学实验室，于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部。 GenBank是美国国家生物技术信息中心建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划。 DDBJ日本DNA数据库，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库。 SWISS-PROT是经过注释的蛋白质序列数据库，由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。 PIR全称The Protein Information Resource，是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研 究。PIR与MIPS(the Munich Information Center for Protein Sequences)、JIPID（the Japan International Protein Information Database）合作，共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库（PSD）：一个主要的已预测的蛋白质数据库，包括250000个蛋白。 蛋白质数据库PDB是由美国国家科学基金会、能源部的生物和环境研究所、国家健康组织中的两个单位：药品科学研究所和医药图书馆共同资助的。它们设立这个机构的共同目标是通过PDB尽量广泛地传播其收集的信息。 生物信息学Bioinformatics 生物科学与技术学院 初步计划讲授内容 第一章 概论（2） 第二章 生物学基础（略） 第三章 生物信息数据库及其信息检索（4-6） 第四章 序列比对与算法（6） 第五章 核酸序列分析（6） 第六章 蛋白质结构预测和分子设计（4-6） 第七章 基因组信息学（4） 第八章 蛋白质组信息学（4） 第九章 生物信息学前沿（自学） 参考书籍 1、《生物信息学教程》蔡禄. 化学工业出版社, 2007 2、《生物信息学》(第二版)张阳德主编. 科学出版社, 2009 3、《生物信息学》陶士珩主编. 科学出版社, 2007 4、《生物信息学应用技术》王禄山, 高培基.化学工业出版社, 2007 5、《生物信息学与功能基因组学》(美)乔纳森?佩夫斯纳 著; 孙之荣 译. 化学工业出版社, 2006 网上资源 1、华中农业大学国家精品课程生物信息学网站 (/kech/swxxx/index.htm) 2、西南交通大学生物信息学精品课程网站 (/C54/Course/Index.htm） 3、东南大学生物信息学网络学习平台 (/chenyuan/xsun/courses_on_net.htm) 4、美国国立生物技术信息中心 ( ) 期刊 《生物信息学》、《Bioinformatics》、《BMC Bioinformatics》 生物信息学概述 什么是生物信息学： 生物信息学(Bioinformatics)： 是研究生物信息的采集，处理，存储，传播，分析和解释等各方面的学科。 是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展而快速突起的一门学科。 是生命科学、生物统计学、现代数学、信息科学和计算机科学的结合学科，可揭示大量而复杂的生物数据所蕴藏的生物学奥秘。 生物信息学？－－新兴的交叉学科 Mathematical sciences Computer sciences Life sciences 生物学背景？★★★ 分子生物学／基因工程 数学？★ 统计学，模型，算法 计算机科学背景？ ★ Linux/Perl/PHP/JAVA/C++/Visual Basic 生物信息学的学习人员： 1）学习生物信息学是为了发展生物信息学 —— 计算机科学家 2）学习生物信息学是为了应用生物信息学 —— 生物学家 我们属于…… Bioinform