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Windows系统下本地BLAST的实现 BLAST 简介  BLAST 是由美国国立生物技术信息中心（NCBI） 开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。  BLAST是“基本局部对比搜索工具” (Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。  BLAST是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行 相似性比较的分析工具。 2 生物序列的相似性（可量化） 相似性(similarity)：  指一种很直接的数量关系，部分相同或 相似的百分比或其它一些合适的度量。  比如，A序列和B序列的相似性是80 ％， 这是个量化的关系，可进行局部比较。 3 生物序列的同源性（不可量化） 同源性(homology)：  指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质 序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。  即在A和B的关系上，只有是同源序列，或 者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性 为80 ％是不科学的。 4 相似性与同源性的关系  序列的相似性和序列的同源性有一定的关系， 一般来说序列间相似性越高，它们是同源序列 的可能性越高，所以经常通过序列的相似性来 推测序列是否同源。  正因如此，很多时候对序列相似性和同源性未 做明显区分，经常等价混用两个名词。故而出 现A序列和B序列同源性为80 ％的说法。 5 序列相似性比较与序列同源性分析 序列相似性比较： 是将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较， 找出与此序列相似的已知序列。完成这一工作需 要使用两两 序列比较算法。常用程序：BLAST、 FASTA等。 序列同源性分析： 是将待研究序列加入到一组来自不同物种的同源 序列中进行多序列比较，以确定该序列与其它序 列间的同源性的可能性大小。这是理论分析方法 中关键的一步。完成这一工作须使用多序列比较 算法。常用程序：CLUSTAL等。 6 主要的BLAST程序 程序名 查询序列 数据库 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列 Blastp 蛋白质 蛋白质 蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序 列 Blastx 核酸 蛋白质 核酸序列6框翻译成蛋白质序列后和蛋白质 数据库中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白质 核酸 蛋白质序列和核酸数据库中的核酸序列6框 翻译后的蛋白质序列逐一比对。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列6框翻译成蛋白质序列，再和核酸 数据库中的核酸序列6框翻译成的蛋白 质序列逐一进行比对。 7