(生物信息学)第六章基因预测和基因结构分析.ppt

CDSo: orphan，只有一个CDS区 * * * * * （三） 上机操作 从核苷酸数据库中选择DNA序列(AF319968) ，试用不同的分析工具分析其基因结构，并将分析结果与核苷酸数据库中的结果相比较。 预测上述序列是否含有启动子区域，分析其转录因子结合位点。 FGENESH预测结果 FGENESH预测结果 GENSCAN预测结果 GeneMark预测结果 转录起点预测 * * 分两层内容： 所给序列是否含有基因？基因区大概在哪？仅依赖于序列，真核生物可达80%的识别率 基因的结构是怎样的？外显子/内含子边界？仅依赖于序列，真核生物准确率很多时候小于50% * * * 使用同物种的EST注释基因更可靠。但是往往不一定有合适的EST。 * * * * 人类基因数目早期是根据EST估计的，认为有10万；主要是因为人类的基因大都可变剪接，很多基因都有多个不同的转录本；并且EST是mRNA的碎片，使用EST自然高估了基因的数目。其次是有大量的重复元件，是基因或转座子的遗骸，因此具有和基因类似的特征。 * * /berry.phtml?topic=fgeneshgroup=helpsubgroup=gfind * * 注：输入从NCBI获得的序列，而非“D63710” * * http://augustus.gobics.de/submission Adh_and_cact.1 (2919020 bases) 848501 853000 ggatgctggtgcagacgccgggcatatcgaagtcctggatgagctcgatctgtctccggg agtccacttttttcatgagctgtgaccgctttcgccgatccgtcagccactgtgaaggag atactcatgagttaactgcttggcaacgggtttatcttgctactcacatctggcaccgac ttgccggcgctcaggttgtagatcttcacatcgttaacttcgtttacgaacatcttgagg gacgatttttgctcaaaattaaaacataaacaaacgaagtccgcaacacgtgcgccctct atcgatagacacgattgtcgatagcatctggctgcgataagcacctatcgcggcagtgtg acccttggcttgccaattgctcagtgtgaccgcaggaaaccaagcaaaacaagagaacgc aaaagcagtgaaaaaagactactgatttgcatcgacctaccaattgaaaataatcgcaat aattgcctctcggtgcagccccgcaaccccgcgaagccagtgtgcgtgctagcacgaaag tgaactgcattttgcatcgccaaattgcccaaaaattgcaatcgaattccgcacagccaa acaacaatacgcacacatacacacagtaccccccgctctgcgtaaccgccctacgttaca cattccgttcgctccctaaggtggactaaaactaaagtgatctaaaacggtgagtaatat tcgttgtttttccttaagccaattaaacactgattaaattatgcgaaatggaaaaccgtc tgcgaaggggtgacgcagtgcagctgtgggtgctccgcaactttcccttgtgctctcgct ctctcttgtttttgtcgttaggcagcagcactccattgttgttgtatacaccccctgatt gctttgataccctgcaatggggagttactgttttgtgaccaagttaagaaaataaatatg atttacaaaaatcgattaattctggggatgtttcaggtttttatggtgtataatttattt tttgaatttttaggggatggtggggcaaaaacggccgccactctacttaaaaatcggtag gtgaggagtttgtttagtatacgctataaataaatactctaaattagtttttataagatg gattattatatgagtgtatgagttatcatagaaatatttacctgtgcttatatattaatt tattatatgaattatgcaaacaaggttttttcaaaatgtaggcgagcatgaataaaaaat tataataaatcagaagttttcttagtagttgttatcagttattaatatatttctttttca ttttgttgtgtcttattgcgtt