(生物信息学)第七章蛋白质性质和结构分析.ppt

2. 分析糖链连接点 糖链连接方式 O－连接：丝氨酸、苏氨酸、羟赖氨酸的羟基 N－连接：天门冬酰氨的酰氨基 在“CBS Prediction Servers”主页“Post-translational modifications of proteins”栏目选择“NetOGlyc” 软件分析O－连接糖链的连接位点 在NetOGlyc网页粘贴序列 分析结果 分析方法（1）：分析O－连接糖蛋白 其他预测工具： /gal_p/ http://comp.chem.nottingham.ac.uk/cgi-bin/glyco/bin/getparams.cgi /zzd_lab/CKSAAP_OGlySite/index.html /EnsembleGly/predict.html 分析方法（2）：分析N－连接糖蛋白 在“CBS Prediction Servers”主页“Post-translational modifications of proteins”栏目选择“NetNGlyc” 软件分析N－连接糖链的连接位点 在NetNGlyc网页粘贴序列 分析结果 其他预测工具： http://www.oppf.ox.ac.uk/opal/OPAL.php /content/sequence/GLYCOSITE/glycosite.html （六）分析蛋白质的亚细胞定位 有助于了解： 蛋白质功能 蛋白质互作 Gene Ontology 线粒体蛋白质 内质网蛋白质 高尔基复合体蛋白质 过氧化物酶体蛋白质 溶酶体蛋白质 细胞核蛋白质 叶绿体蛋白质 分析蛋白质的亚细胞定位 打开PSORT 主页(http://psort.hgc.jp/) 根据待分析蛋白质来源物种差异选择不同软件 如选择WoLF PSORT 选择物种，粘贴序列 分析结果 其它预测蛋白质亚细胞定位工具： CELLO： .tw/ Subnuclear Compartments Prediction System： /subnuclear.htm Proteome Analyst Specialized Subcellular Localization Server： http://webdocs.cs.ualberta.ca/~bioinfo/PA/Sub/ Lokero/TargetLoc/SherLoc2/MultiLoc2/YLoc： http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Research/Systems%20Biology/protein-subcellular-localization TargetP： http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/ Predotar： https://urgi.versailles.inra.fr/predotar/predotar.html Protein Prowler： .au:8080/pprowler_webapp_1-2/ PSORT细胞定位缩写对照表 Dual localization * 第七章 蛋白质性质和结构分析 生物信息学 MAGIFYFILFSFLFGICDAVTGSRVYPANEVTLLDSRSVQGELGWIASPLEGGWEEVSIMDEKNTPIRTYQVCNVMEASQNNWLRTDWITREGAQRVYIEIKFTLRDCNSLPGVMGTCKETFNLYYYESDNDKERFIRESQFGKTDTIAADESFTQVDIGDRIMKLNTEIRDVGPLSKKGFYLAFQDVGACIALVSVRVFYKKCPLTVRNLAQFPDTITGADTSSLVEVRGSCVNNSEEKDVPKMYCGADGEWLVPIGNCLCNAGHEEQNGECQACKIGYYKALSTDASCAKCPPHSYSVWEGATSCTCDRGFFRADNDAASMPCTRPPSAPLNLISNVNETSVNLEWSSPQNTGGRQDISYNVVCKKCGAGDPSKCRPCGSGVHYTPQQNGLKTTRVSITDLLAHTNYTFEIWAVNGVSKYNPSPDQSVSVTVTTNQAAPSSIALVQAKEVTRYSVALAWLEPDRPNGVILEYEVKYYEKDQNERSYRIVRTAARNTDIKGLNPLTSYVFHVRARTAAGYGDFSEPLEVTTNTVPSRIIGDGANSTVLLVSVSGSVVLVVILIAAFVISRRRSKYSKAKQEADEEKHLNQGVRTYVDPFTYEDPNQAVREFAKEIDASCIKIEKVIGVGEFGEVCSGRLKVPGKREICV