(生物信息学)第八章农业类及物种专属数据库的利用.ppt

第八章 农业类及物种专属数据库的利用 (上机操作) 生物信息学 熟悉各种农业类基因组数据库，重点以Gramene、ArkDB、Ensembl和AnimalGenome数据库为例，掌握各种内容的查询方法。 查询猪1号染色体上的QTL信息。挑选其中一个说明该QTL与什么性状相关，及其在染色体上的位置。 水稻5号染色体上物理位置125000bp至160000bp之间有多少个基因？有没有分子标记？ 查询猪的AHCTF1基因信息。该基因位于第几号染色体上？物理位置？其Orthologues和Paralogues分别有多少个？ 大麦的标记BCD929属于什么类型的分子标记？来源于什么组织？序列是否已知？ * * * * * * * * * * Genetic Map：通过标记之间的遗传重组频率推断各自位置，形成遗传连锁图，丈量单位是重组频率*100，centimorgan，cM。厘摩。 Physical Map：通过DNA测序，获知标记间的物理距离，单位是碱基的数目, bp。 * * * 第八章 农业类及物种专属数据库的利用 生物信息学 农业类文献数据库 农作物基因组数据库 家畜、家禽基因组数据库 Maps Genetics Markers QTLs Sequence Gene Protein Mutant 农业类数据库 农业类文献数据库 美国农业部国家农业图书馆的数据库是一个较全面的收集了农业信息的数据库 国家农业图书馆主页（） AGRICOLA (NAL online catalog) 动物和牲畜科学、昆虫学、植物科学、林学、水产养殖和渔业、耕作和耕种系统、农业经济学以及土地和环境科学 农业基因组数据库 农业类基因组数据库中包含了大量内容 （/）（新版、旧版） 基因组序列组装（基因组和染色体） 基因组注释（多个基因和单个基因） 比较基因组 基因组变异 转录组数据 代谢路径及代谢路径浏览器 基因组浏览器 序列查询 （基于BLAST） 果蝇2号染色体 Physical map （物理图谱） Genetic map （遗传图谱） 遗传图距单位：cM (centimorgan, 厘摩) 物理图距单位：bp (base pair) 物理图谱和遗传图谱 标记 物理图谱和遗传图谱 Genetic Map Physical Map 2 km For human genome, 1cM≈1M bp 北山经之首，曰单狐之山，多机木，其上多华草。又北二百五十里，曰求如之山，其上多玉，无草木。又北三百里，曰带山，其上多玉，其下多青碧。——《山海经》 交换重组 The distance corresponding to this 1% recombination frequency is called a centimorgan (cM). 如何确定两个标记之间的遗传距离？ 分子标记（molecular marker） 缩写 全 称 RFLP Restriction Fragment Length Polymorphism RAPD Random Amplified Polymorphic DNA SSR Simple Sequence Repeat AFLP Amplified Fragment Length Polymorphism STS Sequence Tagged Site SNP Simple Nucleotide Polymorphism （一）基因组浏览器 水稻（rice） 野生稻（wild rice） 大麦（barley） 小麦（wheat） 燕麦（oat） 黑麦（rye） 玉米（maize） 高粱（sorghum） 小米（foxtail millet） 珍珠粟（pearl millet） （/genome_browser/index.html ） 可以查询26种主要植物的基因组信息 （I）基因组序列组装 在/genome_browser/index.html 页面选择需要查询的物种 点击Genome assembly 获取该物种最新版本基因组组装信息 在/genome_browser/index.html 页面选择需要查询的物种 点击Example region 在Location选项框中输入需要查询染色体名称及物理位置，或基因名称 获得该染色体物理区段内基因信息 （II）基因组注释 在/genome_browser/index.html 页面选择需要查询的物种 点击Example region 在Location选项框中输入需要查询染色体名称及物理位置，或基因名称 获得该染色体物理区段内基因信息 获得基因信息 进一步获得该基