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* 注意:在立构规正度(Tacticity)中包括了等规立构(Isotactic)、间规立构(Syndiotactic)和无规异构(Atactic)三种。 此时选择等规立构(Isoactic)。 * (6).计算基本描述符 选择列 A(整个列变成蓝色,表示被选中,任何时候都可以使用Esc 键取消选择),然后单击QSAR Models 工具栏的Model 按钮。 在出现的对话框中选择Element Count,同时按下Ctrl 键可以选择多种性质。 进行Element Count 计算时默认选项为计算分子中碳原子的数量。 要改变默认,请双击Element Count 条目,在弹出的对话框中Input 部分选择要计算的元素。 观察并且处理研究表格文档 (7).研究表格观察者选项 现在 Study Table Viewer 工具栏上的几个选项变为可用选择列 B,同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Filter Selection,则只有列B 被显示其它部分都被去除。 此方法适合于表格内数据非常多的情形,使用此方法可以清楚地看到所需要的内容。 观察并且处理研究表格文档 (7).研究表格观察者选项 此命令对于某行来说同样有效选择列B,同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Sort Ascending 可以将数据按照从大到小或者从小到大的顺序进行排列。 同时选择Study Table Viewer 工具栏上的Quick Plot 按钮,可以将相关性质对列数作图返回研究表格。 选择工具栏上的Define Function 按钮,可以自定义函数,具体过程类似于微软Excel 中的函数功能。 观察并且处理研究表格文档 5.处理分子晶体:尿素 医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等在工业制造过程的某些阶段,都是晶体材料。 对这些材料进行模拟,可以扩展我们对其的认识,最终帮助我们控制其性质,例如溶解性、模板寿命、形态、生物药效率、颜色、振动强度、气压和密度等。 在练习中我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶体材料的模拟。 处理分子晶体:尿素 (1).打开分子晶体文档 输入 Examples|Documents|3D Model|urea.msi 到Project 中 (2).计算氢键 从菜单中选择 Build|Hydrogen Bonds 该操作会打开氢键计算对话框 处理分子晶体:尿素 (3).调整晶胞显示的范围 打开 Display Style 中的Lattice 栏 将Display 部分沿X、Y、Z 轴方向的最大晶胞数(Max)改为2.0 我们就可以得到一个2x2x2 的尿素晶体 在该晶体中,各个原子的分数坐标不变 处理分子晶体:尿素 (4).改变晶胞显示风格 在 Lattice 栏中,选择None 关闭对话框,将去除晶胞边界线。 (5).检测结构中氢键连 旋转结构观测氢键网络 使用键盘上的上、下、左、右键头将按照 45°为单位进行旋转转。 处理分子晶体:尿素 6.建造Alpha 石英晶体 应用领域: 异相催化剂的应用 沸石催化剂 在石油、天然气探测中的矿物采样分析 建造Alpha 石英晶体 (1).建立Alpha 石英晶体 在一个新的 3D 文档中 从Build 菜单选择Crystal 下的Build Crystal...会打开相关的晶体模建对话框。 在Space Group 栏中,选择Enter Group,输入P3221,并且按下Tab 键进行确认。 也可以从下拉菜单中选择该空间群,如果你知道该空间群的序号,也可以直接输入该序号。 在 Lattice Paramenters 栏中,在相应的地方可以输入Alpha 石英的a 和c 晶胞参数为a=4.910 c=5.402。 建造Alpha 石英晶体 (2).加入硅原子和氧原子 由于已经定义好了体系的对称性,只需要加入一个硅原子和一个氧原子,那么根据对称操作,会产生整个晶体的相应原子。 从 Build 菜单中选择Add Atom。此选项会打开Add Atom 对话框,也可以在Atom and Bond 工具栏上单击相应的按钮。 进入 Options 栏,确认Test for bonds as atoms are created 被选中。 当该选项被选中的时候,Material Studio 会在晶体建造过程中,自动产生相应的键。 Material Studio 也有一个通用的Bond Calculation 工具,可以从Build 菜单中调用,该工具允许你选择、编辑并定义最佳的成健方案。 建造Alpha 石英晶体 (2).加入硅原子和氧原子 仍然在 Options 栏中,确认Coordinatie System 是Fractiona

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