MicroRNA培训教材.doc

一、microRNA简介 1．什么是microRNA microRNAs（microRNAs）是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码RNA，其大小长约19~23个核苷酸。成熟的microRNAs是由较长的初级转录物经过一系列核酸酶的剪切加工而产生的，随后组装进RNA诱导的沉默复合体，通过碱基互补配对的方式识别靶mRNA，并根据互补程度的不同指导沉默复合体降解靶mRNA或者阻遏靶mRNA的翻译。最近的研究表明microRNA参与各种各样的调节途径，包括生物个体发育、病毒防御、组织分化、细胞增殖和凋亡、脂肪代谢、参与原癌基因作用等等。 2. MicroRNA的发现 1993年，Lee，Feinbaum和Ambros等人发现在线虫体内存在一种RNA（lin-4），是一种不编码蛋白但可以生成一对小的RNA转录本，每一个转录本能在翻译水平通过抑制一种核蛋白lin-14的表达而调节了线虫的幼虫发育进程。对于出现这种现象的原因，科学家们猜测是由于基因lin-14的mRNA的3'UTR区独特的重复序列和lin-4之间有部分的序列互补造成的。在第一幼虫阶段的末期降低lin-14的表达将启动发育进程进入第二幼虫阶段。7年后科学家又发现了第二个microRNA－let-7，let-7相似于lin-4，同样可以调节线虫的发育进程。 自从let-7发现以来，应用随机克隆和测序、生物信息学预测的方式，又分别在众多生物体如病毒、家蚕和灵长类动物中发现了上千个的microRNAs。被鉴定的microRNAs均被miRBase网站整理并加以注释。此网站由著名的Sanger研究所主办，并对公众开放。（/） 3. microRNA的产生与作用机制 microRNA基因以单拷贝、多拷贝或基因簇等多种形式存在于基因组中，约60%microRNA单独表达，15%的microRNA一基因簇的形式表达，而25%的microRNA位于基因的内含子中，与基因同时被转录。 microRNA通常来源于一个大小约1000bp的长链RNA初始转录产物（Pri-microRNA），Pri-microRNA分子在细胞核中经过双链RNA特记性RNaseIII-Drosha的作用形成70-100nt的具有茎环结构的RNA分子（Pre-microRNA）。Pre-microRNA在exportin-5的作用下转运至细胞质中，被另一个双链RNA特异性RNaseIII-Dicer识别，被进一步切割成19-23nt的小分子RNA，即成熟的microRNA，microRNA再被PPD（PAZ&Piwidomain）蛋白质家族成员识别并结合，类似RNA干扰过程形成RNA/蛋白质复合体—RISC（见下图）。在动物细胞中，单线microRNA通过序列完全或不完全的匹配互补到mRNA上，从而抑制mRNA的翻译。 但是microRNA抑制mRNA翻译的机理还不清楚，目前发现的机理有：miNRA翻译起始抑制机制；microRNA翻译起始后抑制；microRNA介导的mRNA衰减；microRNA的正调控和去抑制等等，具体机理还有待我们科研工作者进一步研究和探讨。 4. MicroRNA与siRNA的异同 siRNA是RNAi途径的主要作用物，microRNA和siRNA很容易混淆，他们有许多共同点也有许多不同点。 microRNA和siRNA都是由22个左右的核苷酸组成，都依赖Dicer酶的加工，是Dicer的产物，所以具有Dicer产物的特点。二者生成都需要Argonaute家族蛋白存在，而且都是RISC组分，所以其功能界限变得不清晰，如在介导沉默机制上有重叠。另外，它们都可以在转录后和翻译水平干扰以抑制靶标基因的翻译。 microRNA和siRNA本质上的区别就是microRNA是内源的，在基因组中有固定的基因座位，70％～90％位于蛋白基因的基因间隔区，其余在内含子，还有个别在编码区的互补链；siRNA可以是人工体外合成的，也可以是基因组的转录片断，降解片断，和转座片断，病毒基因组转录片断等，关键在于siRNA没有固定的基因座位，本身不是基因组的功能片断，是随机产生的，即加工位点不是保守的。结构上，microRNA是单链RNA，而siRNA是双链RNA。3.Dicer酶对二者的加工过程不同，microRNA是不对称加工，microRNA仅是剪切pre-microRNA的一个侧臂，其他部分降解；而siRNA对称地来源于双链RNA的前体的两侧臂。在作用位置与作用方式上，microRNA主要作用于靶标基因3′-UTR区，可抑制靶标基因的翻译，也可以导致靶标基因降解，即在转录水平后和翻译水平起作用，主要在发育过程中起作用，调节内源基因表达。而siRNA可作用于mRNA的任何部位，但siRNA只能导致靶标