用raxml构建极大似然进化树-phylodiversitynet.pdfVIP

RAxML 构建极大似然进化树 RAxML 用极大似然法建立进化树的软件之一，可以处理超大规模的序列数据，包括 上千至上万个物种，几百至上万个已经比对好的碱基序列。作者是德国慕尼黑大学的 A. Stamatak 博士。 RAxML 有若干版本 （有的版本支持在多个 CPU 上运行），本文以最常用的单机版 raxmlHPC 为例。 1 下载和安装 RAxML 可以在Linux, MacOS, DOS 下运行，下载网址为 http://icwww.epfl.ch/~stamatak/index-Dateien/Page443.htm 也可以使用 的超级计算机运行。 对于Linux 和Mac 用户 下载 RAxML-7.0.4.tar.gz 用gcc 编译即可 make f Makefile.gcc Windows 用户可以下载编译好的exe 文件，而无需安装。 2 数据的输入 RAxML 的数据位 PHYLIP 格式，但 其名字可以增加至 256 个字符。“RAxML 对 PHYLIP 文件中的tabs ，inset 不敏感”。输入的树的格式为Newick RAxML 的查错功能 1 序列的名称有重复，即不同的碱基却拥有一致的名称。 2 序列的内容重复，即两条不同名称的序列，碱基完全一致。 3 某个位点完全由序列完全由未知符号组成，如氨基酸序列完全由X,?,*,-组成，DNA 序列 完全由N ,O,X,?,-组成。 4 序列完全由未知符号组成，如氨基酸序列完全由X,?,*,-组成，DNA 序列完全由N,O,X,?,- 组成。 5 序列名称中禁用的字符 如包括空格、制表符、换行符、:,(),[]等 3 RAxMLHPC 的选项 -s sequenceFileName 要处理的phy 文件 -n outputFileName 输出的文件 -m substitutionModel 模型设定 方括号中的为可选项： [-a weightFileName] 设定每个位点的权重，必须在同一文件夹中给出相应位点的权重 [-b bootstrapRandomNumberSeed] 设定bootstrap 起始随机数 [-c numberOfCategories] 设定位点变化率的等级 [-d] -d 完全随机的搜索进化树，而不 从maximum parsimony tree 开始。在100 至200 个分类单元间， 该选项可能会生成拓扑结构完全不同的局部最大似然树。 [-e likelihoodEpsilon]默认值为0.1 [-E excludeFileName] 排 的位点文件名 [-f a|b|c|d|e|g|h|i|j |m|n|o|p|s|t|w|x] f 算法 -f a rapid Bootstrap -f b draw the bipartitions using a bunch of topologies -f c checks if RAxML can read the alignment. -f d rapid hill-climbing algorithm -f e optimize the model parameters -f g compute the per site log Likelihoods for one ore more trees passed via -z. -f h compute a log likelihood test (SH-test [21]) between a best tree passed via -t and a bunch of other trees passed via -z. -f i performs a really thorough standard bootstrap ………………………… [-g groupingFileName] 预先分组的名称 [-h] program options [-i initialRearrangementSetting] speccify an innitial rearrangement setting for the ininital phase of the search algorithm. [-j ] [-k] optimize branchlength and model par