遗传作图方案介绍.ppt

遗传作图;本章主要内容： 第一节 遗传作图基本概念 第二节 遗传作图的分子标记 第三节 遗传作图的方法 ;第一节 遗传作图基本概念;3.遗传图距的单位 厘摩（cM）:每单位厘摩为1％交换率。 交换率或交换值或重组频率= 减数分裂的重组产物\减数分裂的总产物 4.遗传作图的主要方法 杂交实验、 家系分析;2.2 分子标记用于基因定位的发展史;183个RFLP, 多态性不够高，杂合性（PIC）平均达 到 0 .3而且在染色体上分布不均匀，难以将一些罕 见的基因进行定位；对多基因病的定位也难以奏效,;2.3 分子标记 RFLP(restriction fragment length polymorphisms,限制性片段长度多态性);RFLP的特征: ? 处于染色体上的位置相对固定; ? 同一亲本及其子代相同位点上的多态性片段特征不变; ?同一凝胶电泳可显示不同多态性片段,具有共显性特点;;SSLPs(Simple sequence length polymorphisms,简单序列长度多态性) ? SSLP 产生重复序列的可变排列,同一位点重复次数不同,表现DNA序列长度变化; ? 与RFLP 不同,具有多等位性; ? 小卫星(minisatellite)和微卫星(microsatellite)序列都可用于遗传作图,但微卫星更普遍;;SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性) 1996年，Lander报道了SNP，制备第三代遗传连锁图的遗传标记。 ? 基因组中单个核苷酸的突变称为点突变; ? 理论上每个单核苷酸位置最多只有4种形式,但某些群体特定的单核苷酸位置只有2个或3个SNP,这些位点称为双等位或三等位; ? 在基因组编码顺序中，SNP 大多位于密码子的摇摆位置，表现为基因沉默而被大量保留下来; ? 大多数SNP所在的位置不能被限制酶识别，必须采取测序或寡核苷酸杂交检测; ? SNP 在基因组中的数量极大.二倍体细胞中每个SNP最多只有2种等位型;;;第三节 遗传作图的方法;如何进行遗传作图？;孟德尔第二定律 独立分配定律(the law of independent assortment);连锁遗传定律; AB Ab aB ab (25) (25) (25) (25) (50) (0) (0) (50) (48) (2) (2) (48);2. 连锁分析 连锁发生的时期 减数分裂Ⅰ期,同源染色体复制后不分离→双价体→重组 重组(recombination)或交换(crossing-over):在双价体中,并列的同源染色体臂发生机械断裂,彼此交换DNA区段,这一过程被称为交换或重组. ;连锁基因之间的交换;重组率绘制遗传图 重组率为测量基因之间相对距离的尺度.;遗传图的偏离 ? 近端粒区和远着丝粒区有较高的重组率; 如老鼠主要组织兼容性复合座位(major histocompatibility complex,MHC)含有一组控制免疫反应的基因，其中一个区段的重组率高于平均数数百倍. 重组热点(recombination hot spot):染色体的某些位点之间比其他位点之间有更高的交换率.;? 性别之间也会表现重组率的差异 ? 同一染色体发生多起交换的现象;3. 不同模式生物的连锁分析 连锁分析的三大范畴: ? 有性杂交实验 ? 系谱分析 ? DNA转移;3.1 杂交实验的连锁分析 杂交实验的连锁分析的程序: 选择已知基因型的亲本 → 设计杂交方案 → 获得交配的子代 → 分析其表型及基因型;两点杂交;多点杂交;RFLP连锁图 ? RFLP 作图的程序 与经典遗传作图类似,只是统计性状改为DNA 分子标记; 程序：选择已知基因型的亲本 → 设计杂交方案 → 获得交配的子代 → 分析其DNA分子标记 ; ? 共分离: 在有性繁殖的后代,假如基因附近有一紧密连锁的分子标记,在细胞减数分裂时分子标记与基因之间由于相距太近很少有机会发生交换，那么这种分子标记与连锁的基因有最大的可能同时出现在同一个个体中，这种现象被称为共分离. ? 图位克隆:从分子标记连锁图中找到与靶基因位于同一连锁群的分子标记,然后再从同一连锁群的分子标记中检测与靶基因接近的分子标记,依次渐进,直至获得最接近基因座的标记为止. ;3.2 系谱分析作图 人类样品有限，借助统计学方法对获得的数据进行可信度检验，常用的程度为lod