分子条形码-Agilent.PDF

分子条形码—常见问题解答 利用 HaloPlexHS 检测低频等位基因变异 作者 问答—前言 1 1 Anniek De Witte 、Katie L. Zobeck 、 什么是 NGS？ 1 1 Linus Forsmark 、Christian LeCocq 、 新一代测序 (NGS)、大规模平行测序和高通量测序是描述可同时对数百万 DNA 1 2 Heather Tao 、Bahram Arezi 和 小片段进行测序的创新 DNA 测序技术的相关术语。与标准 Sanger 测序法相比， Magnus Isaksson1 这一现代化技术得到的结果将大幅增加被测序碱基对的数量。 1安捷伦科技有限公司，美国加利福 NGS 已广泛应用于众多领域，其中最常用的是基因组 DNA 变异分析和 RNA 表达 尼亚州圣克拉拉市 分析。这些分析应用可以扩展到整个基因组（WGS 或全基因组测序）和整个外 2安捷伦科技有限公司，美国加利福 显子组（WES 或全外显子组测序），还可专门测序特定区域和基因组合。 尼亚州拉霍亚 WGS 可捕获所有可能的突变，而 WES （尤其是靶向测序）的优势在于在维持原 有经济效益与数据解析复杂程度的同时获得较高的目标区域覆盖率。极高的测 序覆盖率对于发现出现比例较低的癌症突变至关重要 (1)。 如何在 NGS 前富集靶标区域？ 在 NGS 前，有几种方法可以富集目标区域，最常用的两种方法是：1) 使用靶 标特异性探针从测序文库中进行杂交捕获；2) 利用靶标特异性引物直接用样品 DNA 进行 PCR 扩增 (2, 3)。 使用杂交捕获方法时，将 DNA 片段在溶液中与基因组中靶标区域对应的序列特 异性捕获探针进行杂交。典型的杂交捕获技术包括 Agilent SureSelect、NimbleGen SeqCap 和 Illumina TruSeq (4)。 在扩增子测序中，在 NGS 前使用一组选定的外显子引物通过 PCR 富集靶标基 因。典型的扩增子捕获技术包括 Ion Torrent AmpliSeq、RainDance ThunderBolts 或 Illumina TruSeq 扩增子等仅基于 PCR 的方法，以及 Agilent HaloPlexHS 等杂交和延 伸方法 (5)。 NGS 中潜在的错误来源有哪些？ 中同时检测多个样品。样品条形码通 片段末端，影响追踪不同起始分子以 NGS 和靶向序列捕获技术的进步使 常是在 DNA 测序前加入的特异性短序 及去除 PCR 重复和相关扩增假阳性的 其可用于测定异质混合物中的低频突 列。这些条形码会与未知样品 DNA 一 能力。 变。然而，PCR 和测序方法的系统误 同被测序。测序结束后，将读出序 差使 NGS 的进一步发展受到了限制。 列按