结构字元应用于蛋白质骨架重建之研究TheStudyofProtein.PDFVIP

Journal of Information Technology and Applications Vol. 9, No. 1, pp. 1-7 2015 結構字元應用於蛋白質骨架重建之研究 The Study of Protein Backbone Reconstruction by Applying Structural Alphabet * 葉融 , 董其樺 * Jung Yeh , Chi-Hua Tung 中華大學生物資訊學系 Department of Bioinformatics, Chung Hua University, Hsinchu, Taiwan, R.O.C. 摘要 在蛋白質資料庫(Protein Data Bank, PDB)中會常見一種僅含 Cα原子座標的蛋白質結構或是骨架結構 出現問題的蛋白質。為了解決這種蛋白質立體結構不完整的問題，已發展出許多快速蛋白質骨架重建的 演算法。但由於這些重建結構的準確度尚有改進空間，本研究因而對此設計出一個骨架重建演算法，稱為 REconstructing protein Backbone using Structural Alphabet, REBSA 。REBSA 採用前人所用之 Kappa角與 Alpha角 分群及結構字元(Structural Alphabet) ，用拼圖的方式將兩Cα原子間的 C 、O 與N 三個原子的座 標從空間上的各種位置與位向，透過旋轉和平移準確地疊合，讓一個原本只有含 Cα原子結構的蛋白質最 終被重建成具有完整骨架結構的蛋白質。研究結果顯示，與其他方法相比，REBSA有更高的準確度，可 增進結構重建後的 RMSD 平均值最多0.07Å 。我們相信本研究對分子生物學及結構生物學等相關領域具 有顯著貢獻。 關鍵詞 ：結構字元、結構疊合、蛋白質骨架重建 、結構生物資訊 Abstract In the Protein Data Bank (PDB), there are problems about certain proteins containing Cα-only atomic coordinates and disordered backbone conformation. For proteins whose structures are still incomplete, many algorithms have been developed to fast reconstruction of protein backbone using Cα-only atomic coordinates. However, the accuracy of reconstructing structures still need to be improved. In this study, we design a novel backbone reconstruction algorithm, named as REconstructing protein Backbone using Structural Alphabet (REBSA). REBSA applies