第11期在线交流谈谈RNA.pdfVIP

第11期在线交流 谈谈RNA-seq和GWAS中的p value ——统计检验与多重检验校正 交流地点：QQ 交流时间：2015年12月30 日下午3点 纲要 1）统计的基本概念 2 ）多重检验的目的 3 ）多重检验的方法 2 统计的概念 前提： 1）建立一个期望值，并且预知期望值的分布； 2 ）实际进行观测； 3 ）观测值和期望值进行比较； H0:一致，观测值和期望值是一个东西； H1:不一致，观测值和期望值不一样； 3 举例：单样本T检验 前提： 1）有一个期望值0，并且知 道期望值的分布是正态分 布（我们预期观测值也来 自这个分布）； 2 ）然后，观测到的值落在 红色区域里（概率低于 5%；不可能发生嘛） 3 ）那么我们观测到的东西 ，应该根本就和预期的东 西不是一个东西。 4 必须有一个预期分布 • 例如： 基因富集分析：超几何检验。 所有基因 差异基因 H0 :两者的比例相同 H1: 两者的比例不同 13,728 2,259 629 195 1 ）Ribosom ，期望（背景比例是4.58% ），观察值（差异基因的8.63% ） 2 ）如何在超几何分布下，这样数量的提高是小概率事件（p value ）； 3 ）接受H1 ，推论：我们抽取出来的差异基因在Ribosome的比例高于随机水平（在 Ribosome这个pathway富集）。 5 入门理解——基因表达差异分析 更显著的差异 有差异 无差异 误差方差估计范围 总体方差估计范围 关键问题：我们如何正确估计误差方差的范围。 6 差异分析的方法以及比较 实际生物学实验 • 背景误差：技术误差+ 生物学差异 • 目标差异：处理导致的差异 技术重复