nc2cancer一个研究与癌症相关人类非编码rna的数据库-生物信息学.pdfVIP

第 １３卷 第２期 生 物 信 息 学 Ｖｏｌ．１３ Ｎｏ．２ 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０ １５ 年 ６ 月 Ｃｈｉｎｅｓｅ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｊｕｎ．，２０１５ － ｄｏｉ：１０３９６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２ ５５６５．２０１５．０２．０１ ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ：一个研究与癌症相关人类非编码ＲＮＡ的数据库 程　 卓，刘　 珂，严章明，向书念，孙之荣∗ （清华大学生命科学学院教育部生物信息学重点实验室，北京 １０００８４） 摘　 要：伴随着高通量测序技术的飞速发展，许多新型的非编码ＲＮＡ 陆续被发现，比如长链非编码ＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）和环状ＲＮＡ （Ｃｉｒｃｕｌａｒ ＲＮＡ）。 先前的研究已经表明这些非编码ＲＮＡ在基因表达调控过程中起着很重要的作用，并且与癌症的发生有着很密 切的联系。 但是，由于研究者们仍然对它们行使何种功能知之甚少，鉴定这些非编码ＲＮＡ是否与人类癌症存在密切的相互关系 仍然是一个巨大的挑战。 为了促进这一领域的研究，这篇文章的作者分析了大规模的ＲＮＡ 相互作用数据，然后建立了数据库 ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ （ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆｏ．ｔｓｉｎｇｈｕａ．ｅｄｕ．ｃｎ／ ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ／ ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ）。 这个数据库的目标便是提供非编码ＲＮＡ 与癌症之间的全 面关系。 现在，该ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ数据库包括了三种类型的非编码ＲＮＡ分子：长链非编码ＲＮＡ，环状ＲＮＡ 以及由假基因转录而成的 ＲＮＡ。 这项研究将有助于研究者更好地去理解非编码ＲＮＡ 的功能以及它们在人类癌症发生过程中所起到的作用。 关键词：非编码ＲＮＡ；癌症；ＭｉｃｒｏＲＮＡ；ＲＮＡ相互作用网络 － － － － 中图分类号：ＴＰ３９２；Ｑ５２２　 　 文献标志码：Ａ　 　 文章编号：１６７２ ５５６５（２０１５） ０２ ０７７ ０５ ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ：ａ ｄａｔａｂａｓｅ ｆｏｒ ｃａｎｃｅｒ⁃ａｓｓｏｃｉａｔｅｄｈｕｍａｎｎｃＲＮＡｓ ＣＨＥＮＧＺｈｕｏ，ＬＩＵ Ｋｅ，ＹＡＮ Ｚｈａｎｇｍｉｎｇ，ＸＩＡＮＧ Ｓｈｕｎｉａｎ，ＳＵＮ Ｚｈｉｒｏｎｇ∗ （ＭＯＥ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｔｓｉｎｇｈｕａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８４，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｗｉｔｈ ｔｈｅ ｒａｐｉｄ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｈｉｇｈ⁃ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｍａｎｙ ｎｅｗ ｔｙｐｅｓ ｏｆ ｎｏｎ⁃ｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡｓ （ｓｕｃｈ ａｓ ｌｎｃＲＮＡｓ ａｎｄ ｃｉｒｃｕｌａｒ ＲＮＡｓ） ｈａｖｅ ｂｅｅｎ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ． Ｐｒｅｖｉｏｕｓ ｓｔｕｄｉｅｓ ｈａｖｅ ｓｈｏｗｎ ｔｈａｔ ｔｈｅｓｅ ｎｏｎ⁃ ｃｏｄｉｎｇ ＲＮＡｓｐｌａｙｃｒｉｔｉｃａｌｒｏｌｅｓｉｎｇｅｎｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎａｎｄｈａｖｅｓｔｒｏｎｇａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｗｉｔｈｃａｎｃｅｒｓ．Ｈｏｗｅｖｅｒ，ｓｉｎｃｅｗｅｋｎｏｗ ｌｉｔｔｌｅｏｎｈｏｗｔｈｅｎｃＲＮＡｓｅｘｃｕｔｅｔｈｅｉｒｆｕｎｃｔｉｏｎｓ，ｉｔｒｅｍａｉｎｓａｃｈａｌｌｅｎｇｅｆｏｒｕｓｔｏｆｕｌｌｙｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｅａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓｂｅｔｗｅｅｎ ｎｃＲＮＡｓ ａｎｄ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒ．Ｔｏ ｆａｃｉｌｉｔａｔｅ ｔｈｅ ｓｔｕｄｙ ｏｆ ｔｈｉｓ ｆｉｅｌｄ，ｗｅ ａｎａｌｙｚｅｄ ｌａｒｇｅ⁃ｓｃａｌｅ ＲＮＡ⁃ＲＮＡ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｄａｔａ ａｎｄ ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ ａ ｄａｔａｂａｓｅ ｎａｍｅｄ ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ（ｈｔｔｐ：／ ／ ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆｏ．ｔｓｉｎｇｈｕａ．ｅｄｕ．ｃｎ／ ｎｃ２Ｃａｎｃｅｒ／ ｉｎｄｅｘ．ｐｈｐ），ａ ｗｅｂ ｒｅｓｏ