8.鱼类学类和软骨鱼类.ppt

鱼类分类 分类的目的 把不同的物种进行归类，类群的阶元有： [门、[纲、[目、[科、[属、[种]]]]]]，必要时还可以补充一些等级，如亚门、总纲、亚纲、总目、亚目、总科、亚科、亚属等 。 归类时，尽量要符合各阶元之间的亲缘关系。譬如，最好能按家谱一样分类。 各种鱼类分类系统 在鱼类学不同的发展阶段，不同的鱼类学家根据自己的见解，提出不同的鱼类分类系统。由于早期对鱼类亲缘关系的研究比较缺乏，所以早期的鱼类分类系统不能很好地反映鱼类的亲缘关系，如贝尔格鱼类分类系统、拉斯鱼类分类系统等现均不在采用。 现代的鱼类分类系统是在鱼类系统发育研究成果的基础上建立起来的，相对比较真实地反映鱼类的亲缘关系。目前，世界上普遍接受的鱼类分类系统是纳尔逊鱼类分类系统（Nelson,2006).我们也采用这个系统进行讲课。 值得注意的是，随着鱼类系统发育研究的进一步深入，鱼类分类系统也要随之进行调整。 所以，深入研究鱼类的系统发育关系，是建立正确的鱼类分类系统的基础。 分支系统学cladistic systematics 谱系分类：以建立进化谱系为目的分类。需要对特征进行必要的选择。代表：分支系统学（cladistic systematics)Henning1965创立的 要点：1）单系类群。2）对分类对象的各种特征的比较分析来确定谱系分支。3）根据各分类单元之间的共同特征来确定谱系关系。4）简约性原则。5）谱系是分类的唯一依据。 分支系统学的几个重要概念 单系类群（monophyletic group)：是由一个祖先种及它的全部后裔组成。 分支系统学只接受单系类群。由于采用形态特征，很有可能把同功特征作为分类依据而出现多系类群。 如何来验证某一类群是单系类群呢？ 外类群：是供研究者参考的一个类群，籍以决定两个（或更多）同源性状中哪一个近祖的（原始的），哪一个是近裔的（衍生的）。主要确定进化的极性。 选择不同的类群作为外类群，对于确定你所研究的类群内部个小类群的关系是有所不同的。 如何开展系统发育的研究呢？ 要选择单系类群作研究对象。 要选择合适的外类群。 要考虑特征分析 选择何种构建系统树的方法 特征分析 形态特征的分析 同源特征（homologies):即不同物种具有它们共同祖先相同的特征。 同功特征（analogies):不同物种的同功特征是各自独立进化的结果。（没有谱系意义） 如何区分：分析该特征的发生 分子特征的分析 分子特征比较难区分同源与同功，从这一点讲，选择具有明确功能的基因容易区分。 如何构建进化树 1.利用特征值:如形态特征,发育过程中出现的特征,生理方面的特征等. 例:有鳞片的,我们把它记为1,没有鳞片的,记为0. 2.分子特征:DNA序列,由不同的A,G,C,T核苷酸组成,一个核苷酸为一个特征值. 整合生物学（integrative biology) 形态特征：数据少，有限 分子特征：数据庞大，但实质上是反映的分子的进化。 整合：同时采用形态特征和分子特征来进行构建进化树。 常用的构建进化树的方法 邻接法(NJ, neighbor joining) 最大简约法(MP, maximum parsimony) 最大似然法（ML, maximum likelihood) 常用软件： Phylip(免费软件）可从下列网址下载：/phylip.htm PAUP商业软件 MEGA 4.0免费软件/ 树和进化树 树根-祖先 树枝-亲缘关系 树叶-现存物种 鱼类化石在构建和修正鱼类的进化谱系中起重要作用 广西澄江鱼类化石群: 表明鱼类是爆发性出现的。在云南曲靖早泥盆世地层中发现的无孔鱼新属，填补了斑鳞鱼及其它更进步的肉鳍鱼类之间的缺环 （见下图）。 化石的数量是有限的,而且化石只保留了骨骼特征，但化石可以确定地质年代。 综合进化分类 背景：分支系统学强调的是进化谱系，而这与分类学得实用要求发生冲突。如依据分支系统学，鸟类仅仅是爬行类的一个分支。而且，分支系统学往往被指责“只考虑适应进化而忽视了前进进化” 在谱系进化中有两种性质不同的进化改变。一是形态结构及其功能由简单、相对不完善到复杂和相对完善的前进性（进步的）改变，称之为前进进化；前进进化的结 果是造成生物的等级从低级到高级。另一种进化改变是线系分枝，叫做分枝进化（适应进化）；分枝进化的结果是产生新的分类单元和生物歧异度的增长。 综合进化分类：生物的分类系统不仅应表现生物的谱系关系，也应表现生物的进化阶段和进化水平，如生态适应性、进化速率、形态距离等。 进化系统学派的主要缺点是没有明确 的、行之有效的工作方法和程序，对于系统发育关系的判断及分类系统的建立常常依赖研究者个人的经验及特征加权，研究结果难以检验。 参考书 生物进化，张昀，北大出版社，1998 生物信息学