野生稻OrufipogonW1943cDNA克隆资源的优化研究报告-NCGR.PPTVIP

野生稻O. rufipogon W1943 1888条全长cDNA序列的数据分析 NCGR 2008-09-03 背景 野生稻O. rufipogon（AA genome）是与栽培稻关系最近的祖先水稻品种1,2。 具有许多优于栽培稻的农艺性状，比如耐旱、耐盐等等3,4； 公共数据库中有大量栽培稻的基因组序列信息5,6，同时也有大量的cDNA资源7,8； 极少野生稻的序列和克隆资源，比较成规模的是Oryza minuta (BBCC genome) 5,211条叶片ests9。 现状与目的 NCGR野生稻资源：克隆并精确测序了1,888个unique的O. rufipogon W1943 cDNA克隆。 期望通过W1943 cDNA序列与籼、粳稻cDNA序列的比较： 汇总一些水稻新基因、潜在野生稻特有的基因、W1943特有剪切方式基因、组织特异性高表达的基因和与microRNA相关的基因； 提供一些线索，供有兴趣者作进一步研究之用。 1888 W1943 cDNAs BLAST against cultivated rice genomic sequences and cDNAs 一、未匹配粳稻基因组之基因 定义：未能定位到O. sativa japonica Nipponbare genome sequences，但与籼稻93-11基因组序列有同