从遗传病角度谈转化检验医学-广东省妇幼张亮.pptx

从遗传病角度谈转化检验医学 广东省妇幼保健院 转化医学中心：张亮 博士 科技日报：今年1月30日，美国总统奥巴马在白宫正式宣布美国启动“精准医学”研究计划，什么是精准医学？美国启动的精准医学研究计划的主要内容是什么？    关于精准医学的最新进展 曹雪涛：精准医学是以个体化医疗为基础、随着基因组测序技术快速进步以及生物信息与大数据科学的交叉应用而发展起来的新型医学概念与医疗模式，本质上是通过基因组、蛋白质组等组学技术和医学前沿技术，对于大样本人群与特定疾病类型进行生物标记物的分析与鉴定、验证与应用，从而精确寻找到疾病的原因和治疗的靶点，并对一种疾病不同状态和过程进行精确亚分类，最终实现对于疾病和特定患者进行个性化精准治疗的目的，提高疾病诊治与预防的效益。 诊断:关键是需要获得Biomarker 早期诊断，以便早期干预，往往只能采集血样 个性化治疗，已经诊断出疾病，往往可以采集到病变组织样本，多用于肿瘤的个性化治疗 临床上能提供的样品 外周血样本； 脑脊液等其他体液 粪便、尿液等排泄物 新鲜组织样本； 石蜡包埋组织样本； 围绕外周血样本的医学研究 血浆 游离的DNA 游离的RNA 蛋白 细胞内DNA 细胞内RNA 细胞内蛋白 血浆中生物分子的用途 血浆 游离的DNA：无创产前筛查、肿瘤早期诊断、肿瘤治疗疗效评估 游离的RNA 蛋白：无创产前筛查、肿瘤早期诊断、肿瘤治疗疗效评估 血浆中游离DNA的用途之一：无创产前筛查 方法学：第二代测序，和高密度SNP芯片技术。要检出21、13、18三条染色体的三体  高度甲基化的Septin9基因是结直肠癌癌变过程中，特异性早期诊断的标志物之一，在结直肠癌发病早期，已高度甲基化的Septin9基因被癌细胞释放到外周血中参与血液循环，通过检测外周血中Septin9基因的甲基化程度，可初步判断受检者患有结直肠癌的风险。 肿瘤细胞 正常细胞 注册号：国械注进20143405186； 生产厂商名称：EpiGenomics AG（德国） 产品名称；Septin9基因甲基化检测试剂盒（PCR荧光探针法）：由于只需要检测一个基因的甲基化 我国批准的第一个从DNA甲基化来早期诊断肿瘤的诊断产品 结直肠癌的癌变与Septin9基因甲基化 肿瘤细胞 正常细胞 未甲基化 血浆中游离DNA的用途之三：肿瘤治疗疗效的监测 Science Translation Medicine, 19 February 2014,vol 6 ctDNA：circulating tumor DNA ctDNA监测肿瘤的治疗效果 ctDNA的含量 肿瘤组织体积 左图，经过化疗后肺癌组织的体积没有明显变化，但是ctDNA消失，结果22个月后，病人没有出现复发； 右图，经过化疗后肺癌组织的体积明显缩小，但ctDNA含量上升，结果在12个月后发现肿瘤转移，13个月病人死亡 Newman, A.M et al., Nature Medicine, 2014,20(5):548-556, 研究外周血中游离DNA的关键因素 要找到病变组织特征的biomarker，例如DNA甲基化、DNA点突变（非先天性的体细胞突变）。例如乳腺癌病人癌组织中若存在BRAF基因突变，则可以通过血浆检测到。 方法学：第二代测序，和数字PCR技术 肿瘤患者抽取5ml外周血，提取其中的ctDNA 能检出含量低至0.01％的突变DNA 上万倍稀释，每个油包水颗粒中最多含有1个DNA拷贝 VIC荧光通道 dPCR荧光检测 FAM荧光通道 突变型DNA 野生型DNA 阴性液滴 数字PCR的技术原理 围绕外周血样本的医学研究 血浆 游离的DNA 游离的RNA 蛋白 细胞内DNA 细胞内RNA 细胞内蛋白 血细胞DNA指征遗传性 细胞内DNA 细胞内RNA 细胞内蛋白 致病性突变 易感性基因 基因的致病性突变 单基因遗传病：地中海贫血、血友病、DMD。 新生儿呼吸窘迫综合征中的ABCA3、SFTPB、SFTPC、FOXF1、NKX2.1、CSFR2A、CSFR2B基因突变都可以致病 弱精患者中，GALNTL5基因突变 基本特征都是：基因突变改变了编码蛋白质的功能 致病性突变、多态性、临床意义尚不明确的突变（核酸碱基改变，也会改变氨基酸序列，但是否会改变蛋白质功能尚不明确） 基因芯片在地贫基因突变检测上的应用 基因芯片 膜基质的基因芯片 玻璃基质的基因芯片 基于流动微珠的基因芯片-液相芯片 地贫基因突变检测液相芯片技术 1、目前市面上已经有若干地贫基因突变检测试剂盒，为什么还要研发基于液相芯片的试剂盒； 2、为什么地贫在我国广东、广西、海南等热带沿海一代，直至地中海沿海一代高发？ 3、随着地贫基因检测的不断推广，重型地贫患儿的出生越来越少，地贫基因检测逐步变得不