《系统生物学——建模 分析 模拟》.pdf

[General Information] 书名=系统生物学 建模 分析 模拟 作者=雷锦志著 页数=196 出版社=上海市：上海科学技术出版社 出版日期=2010.09 SS号 DX号=000006979169 URL=/bookDetail.js p?dxNumber=000006979169d=BDB8D48FEFBFC3237 07277E3AAD84197 封面 书名 版权 前言 目录 第1章　生物化学反应的数学描述 1.1　生化反应系统 1.2　化学主方程 1.2.1　方程的建立 1.2.2　方程的性质 1.2.3　吉莱斯皮算法 1.3　化学速率方程 1.3.1　方程的建立 1.3.2　涨落耗散定理 1.4　化学朗之万方程 1.4.1　方程的建立 1.4.2　随机积分的简单讨论 1.4.3　τ跳跃算法 1.5　福克尔—普朗克方程 1.6　反应速率随时间变化的生化反应系统 1.6.1　外部噪声干扰下的反应速率 1.6.2　推广的化学朗之万方程 1.6.3　伊藤积分与斯特拉托诺维奇积分 1.6.4　有色噪声 1.7　小结 习题 第2章　基因表达的数学描述 2.1　遗传信息的传递与基因表达 2.2　基因表达的内蕴随机性 2.2.1　模型的建立 2.2.2　平衡态 2.2.3　静态涨落 2.2.4　内蕴随机效应 2.3　基因表达中的外部噪声 2.3.1　模型的建立 2.3.2　平衡态 2.3.3　静态涨落 2.3.4　外部噪声对基因表达的影响 2.4　小结 习题 第3章　基因调控的数学模型 3.1　数学基础 3.1.1　尺度分析 3.1.2　米氏函数和希尔函数 3.1.3　洛姆周期图 3.2　正反馈调控与双稳态 3.2.1　乳糖操纵子 3.2.2　数学模型 3.2.3　平衡态分析 3.3　噪声与细胞状态的切换 3.3.1　乳糖操纵子基因的状态切换 3.3.2　λ噬菌体阻抑物基因的表达调控 3.3.3　内部噪声诱导的状态切换 3.4　负反馈调控和生物振荡 3.4.1　阿特金森振子 3.4.2　随机激励振子 3.4.3　带时滞的负反馈调控 3.4.4　节律振荡 3.5　小结 习题 第4章　信号分子浓度梯度形成的数学模型 4.1 反应扩散方程的建立和模拟 4.1.1　一维守恒率方程 4.1.2　流的不同形式 4.1.3　初边值条件 4.1.4　高维守恒率方程 4.1.5　反应扩散方程的数值解 4.2　形态发生素与胚胎的发育 4.2.1　形态发生素 4.2.2　Decapentaplegic与果蝇翅膀的发育 4.3 形态发生素的扩散与数学模型的建立 4.3.1　模型A：自由扩散和与受体的结合 4.3.2　模型B：自由扩散，与受体结合，信号分子的降解 4.3.3　模型C：配体与受体的结合和离解，通过复合体的扩散 4.4　小结 习题 第5章　造血系统的数学模型 5.1　一些数据 5.2　造血干细胞数量变化的数学模型 5.2.1　细胞周期与休眠期 5.2.2　数学模型的建立 5.2.3　反馈调控函数 5.2.4　参数估计