21世纪的生命科学新趋势.pptVIP

建立整合了三种数据的早期发育网络 661 EE genes 31,173 edges 0.9/node (Int) 5.0/node (Tr) 44/node (Ph) 早期发育网络的分析 实验检测未知基因的预期的位置 Embryonic localization patterns of GFP-tagged fusion proteins analysed by time-lapse microscopy are largely consistent with model predictions 局域分析学派 （Partial-analysis school） 我个人更倾向于系统生物学的另一种研究方式。这是一种很小范围的研究；它与高通量生物学的全局性分析完全是一种互补关系，并涉及到合成生物学（Synthetic biology), 其目标是要重构和描述同样是复杂系统的某个局部。 M. W. Kirschner 局域分析学派的研究对象：基序/模块 基序（Motif） 模块（Module） 网络 (Network) 局域分析学派的研究策略：合成生物学 A bottom-up approach to gene regulation Nature 2006, 439:856 局域分析学派的典型案例 “自下而上”的理论设计 Unregulated system Repressor-only system Activator-only system Repres–activat system experimental data (red) stochastic model data (blue) Inducer: dashed lines 实验与理论的结合 To test model’s predictive power in a more complex system, positive feedback was added to the repressor–activator system 预测与检验 未来的系统生物学: 综合学派 综合学派的核心：计算生物学 结束语 ——走向真正的科学 物理学 物理现象的观测 数学的描述 F=ma E=MC2 物理学的描述 经验阶段 理性阶段 生命科学 生命现象的观测 数学的描述 ？ 生物学的描述 经验阶段 理性阶段 Thank You! * 21世纪的生命科学新趋势 ——系统生物学 吴家睿 中国科学院上海生命科学研究院 中国科学技术大学系统生物学系 21世纪的生命科学趋势 Nature, 2004 432:A18 生命科学领域的“小科学”与“大科学”之关系 个体水平： 分子水平： 蛋白质 DNA 现代生物学家眼中的生命——还原论观点 细胞水平： 生命科学中的“小科学” 认识论 目标小 方法论 视野小 基因克隆技术 蛋白质结构分析技术 还原论面临挑战：如何研究和理解生命复杂系统 从人类基因组计划到后基因组时代 生命科学中的“大科学” 认识论 目标大 方法论 视野大 生命科学领域的“小科学”与“大科学”之关系 小科学 大科学 系统生物学 传统生物科学 （中国传统医学） 输入 输出 经典生物实验科学 输入 输出 A (基因/ 蛋白质) B (基因/ 蛋白质) 系统生物学 输入 输出 系统生物学是认识生命复杂系统的新角度 综合性研究 分析性研究 分析+综合研究 系统生物学是21世纪生命科学革命的代表 科学革命 科学革命 常规科学 常规科学 科学家对自然界的认识程度 1950 1990 中心法则的发现 分子生物学的诞生 人类基因组计划 系统生物学的诞生 时间 系统生物学的主要特征 系统生物学 (Systems Biology) 系统生物学是系统性地研究一个生物系统中所有组成成分（基因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程。 研究对象：各种生物分子的整合 Genome Transcriptome Proteome Citric acid cycle Metabolome 研究对象：各种层次的整合 系统生物学 1， 2， 3， n 组学 （发现的科学） 基因 （蛋白质） 基因克隆 基因表达 基因突变 蛋白质结构 蛋白质相互作用 酶活力 实验生物科学 （假设驱动的科学） 研究策略：小科学与大科学的整合 研究策略：实验科学与理论科学的整合 系统生物学 实验科学 分子生物学 细胞生物学 基因组学 蛋白质组学 ······ 理论科学 数学 计算科学 信息科学 理论物理学 ······ 系统生物学的基本工作流程 选择可控生物系统 定性和定量的测量 计算和数学建模 Int