第四章-生物学数据提交及检索20180326.pptVIP

3.8 Features(※) 最主要的就是录入之前已经整理好的序列里面的开放阅读框(ORF)信息： Genetic Code设置为“Standard”，5#39和3#39都勾选上，Protein Name/Protein Description项都填写， 将特定区域(ORF)的核苷酸序列翻译为氨基酸序列后(除去末端的终止子)复制到下方的”Amino Acid Sequence“框中，依次录入即可。 3.9 Review and Correct 对已填写信息进行复核及提交，并被告知在2个工作日之内会收到NCBI电邮，需要进一步对序列进行审查核对。 利用软件Sequin提交核酸序列 2.生物学数据的检索 Chapter 4 Genbank数据库 /Genbank/ EMBL-EBI数据库 https://www.ebi.ac.uk/ena UniProtKB/Swiss-Prot数据库 /docs/swiss-prot_guideline.html PDB数据库 / 检索和提交人源的组蛋白histone H1 Homo sapiens 核酸序列 蛋白质序列 蛋白质三级结构 * * 生物信息学 Bioinformatics 第四章 生物学数据库的应用 课程回顾 1.生物学数据库 ATTGACTA ACGTGC TTGACA CGTGA ATTGACTA TATAGCCG ACGTGC ACGTGC ACGTGC TTGACA TTGACA TTGACA CGTGA CGTGA CGTGA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA ATTGACTA TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG GenBank TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG TATAGCCG AT GA C ATT GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C GA GA ATT ATT C C GA GA ATT C C Sequencing Centers GA GA ATT C C GA GA ATT C C UniGene RefSeq Genome Assembly Labs Curators Algorithms TATAGCCG AGCTCCGATA CCGATGACAA 2.常用的生物学数据库 核酸数据库 GenBank Public free Available via Internet EMBL Data Library DDBJ (DNA Data Bank of Japan) Genbank网址：/Genbank/ EMBL网址： http://www.ebi.ac.uk/embl/ DDBJ的英文版网址： http://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html/ 1．SWISS-PROT/UniProt数据库，提供蛋白质序列查询及相似蛋白质序列搜索等服务。 蛋白质数据库 2. PDB(Protein Data Bank）蛋白质结构数据库是国际上最完整的蛋白质、核酸、糖类、蛋白质-核酸复合物及病毒等生物大分子三维结构数据库。 NCBI全称National Center of Biotechnology Information（美国国家生物技术信息中心） NCBI是美国国立卫生研究院（NIH）的美国国立医学图书馆（NLM）的一个分支。 1988年成立。 网址：/ NCBI 简介 当今世界最大的基于Internet的用于分子生物学研究的生物医学研究中心 本节主要内容： 生物学数据的提交 生物学数据的检索 1.生物学数据的提交 Chapter 4 一、什么是核酸？ 核酸的种类 DNA，脱氧核糖核酸 RNA，核糖核酸 腺嘌呤(Adenosine) 胞嘧啶(Cytidine) 鸟嘌呤(Guanine) 胸腺嘧啶(Thymidine) 尿嘧啶(Uridine) 邓子新 院士 上海交通大学生命科学技术学院院长， 武汉大学药学院院长， DNA第六元素硫 基因组末端是什么结构？ 氨基酸表示法 * A 丙 (alanine) P 脯 (proline) B D或N Q 谷氨酰胺(glutamine) C 半胱 (cystine) R 精 (arginine) D 天冬(aspartic acid) S 丝 (serine) E 谷 (glutamic acid) T 苏 (threonine) F 苯丙(phenylalanine) U 硒代半胱(selenocysteine) G 甘 (glycine) V 缬(valine) H 组 (histidine) W 色 (tryptophan) I 异亮 (iso