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酶切与连接 核酸酶：通过切割相邻的两个核苷酸之间的磷酸二酯键，从而导致核酸分子多核核苷酸链发生水解断裂的蛋白酶。 分两类： 1 核酸外切酶，从核酸链的一端逐个水解核甘酸的核酸酶。 2 核酸内切酶，能够水解核酸分子内磷酸二酯键的核酸酶。 一 核酸限制性内切酶与DNA分子的体外切割 1．简介 核酸限制性内切酶：是一种在特殊核甘酸序列处水解双链DNA的内切酶 ，简称限制性酶。 限制性酶分三型：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ Ⅰ型酶结合于识别位点并随机的切割识别位点不远处的DNA，而Ⅲ型酶在识别位点上切割DNA分子,然后从底物上解离。Ⅱ型限制酶的限制修饰系统分别由限制酶和修饰酶两种不同的酶组成，它切割某一特异的核苷酸序列; 另一种为独立的甲基化酶,它修饰同一识别序列。 限制修饰系统简称 R/M系统 restriction modification 类似于免疫体系，他能够识别自己的DNA和外来的DNA，并使外来的DNA降解。 由两种酶来控制：修饰的甲基转移酶和核酸限制性内切酶。 当外源的含有限制性酶特定位点的核酸进入细胞时，相应的核酸限制性酶就会将其解。但是菌体内的很多核酸也同样含有这样的序列，这时特异的甲基化酶就起作用了。甲基化酶在内源的部分核酸还没被限制以前就被甲基化了，这种甲基化核酸序列是限制性酶无法作用的。 2．Ⅱ型限制性内切酶的基本特性 Ⅱ型限制性内切酶的识别序列通常由4~8个碱基对组成，它们具有二重旋转对称轴，这些碱基对的序列呈回文结构。所以限制酶切割DNA后，均产生含5`磷酸基和3`羟基的末端。限制酶作用所产生的DNA片段有以下两种形式： （1）形成黏性末端 不在识别序列的对称轴上切割，而是交错切割结果形成的DNA限制片段具有黏性末端。 例如，Hind Ⅲ切割结果形成5`单链突出的粘性末端；而Pst Ⅰ切割结果却形成3`单链突出的粘性末端。 （2）形成平末端 有些限制酶在识别序列的对称轴上切割，形成的DNA片段具有平末端。例如HpaⅠ切割结果形成平末端。 Hind Ⅲ的识别序列是： HpaⅠ的识别序列是： 5`…A ↓ AGCT T…3` 5`…G ↓ TTAA C…3` 3`…T TCGA ↑ A…5` 3`…C AATT ↑ G…5` （3）限制片断末端的连接作用 许多种限制酶切割DNA分子形成的短片断能够自发的重新环化起来。如果环化分子加热后又会重新线性化。但是，如果马上使用连接酶处理，使他们的3－OH基团和5—P基团之间封闭起来，环化就是永久的了。 连接分为：分子间连接和分子内连接。 同裂酶和同尾酶 同裂酶是指一些来源不同的限制酶识别位点和切割位点的核苷酸靶序列完全一样。产生同样的切割，形成同样的末端。 同尾酶对应一类限制酶，他们虽然来源各异，识别的靶序列也各不相同，但都产生相同的粘性末端。但两种同尾酶切割形成的DNA片段经连接后所形成的重组序列，不能被原来的限制酶所识别和切割。 相连后，其序列变为GGATCT CCTAGA， 与原来两个限制酶的识别序列均不相同，因此不再为原来的酶所切割。 3. 影响核酸限制性内切酶活性的因素 （1）DNA 纯度 （2）DNA甲基化的程度 （3）酶切消化反应温度 （4）DNA的分子结构 （5）限制性内切酶的缓冲液 （1）DNA 纯度 污染在DNA制剂中的某些物质，例如：蛋白质、酚、酒精、异丙醇、EDTA、高盐离子等。所以 在纯化过程中，空摔一定要时间充足，要彻底； 用微碱的TE洗脱； 提高限制内切酶的用量； 延长酶切时间； 扩大酶切体积，使潜在的抑制因素被相应的稀释。 （2）DNA甲基化的程度 核酸限制性内切酶是原核生物限制－修饰体系的组成部分，因此识别序列中特定核苷酸的甲基化作用，会强烈的影响酶的活性。通常从大肠杆菌细胞中分离的质粒DNA，都混有特定核苷酸序列的甲基化酶： 1 Dam甲基化酶，催化GATC序列中的腺嘌呤残基甲基化。 2 Dcm甲基化酶，催化cca\tgg序列中内部的胞嘧啶残基的甲基化。 所以在基因克隆中是使用了失去甲基化酶的大肠杆菌制备质粒DNA。 (3 )酶切消化反应温度 酶切标准温度是37℃，但是某些特殊的酶最适合温度是例外的，比如SmaⅠ是30℃。 过高或者过低的温度会使内切酶失去活性。 （4） DNA的分子结构 DNA分子