小拟南芥HDG12基因的克隆生物信息学分析及植物-江苏农业科学.PDF

江苏农业科学　２０１５年第４３卷第２期 — ３３— 梁志强，孔德真，李辉玲，等．小拟南芥ＨＤＧ１２基因的克隆、生物信息学分析及植物表达载体的构建［Ｊ］．江苏农业科学，２０１５，４３（２）：３３－３７． ｄｏｉ：１０．１５８８９／ｊ．ｉｓｓｎ．１００２－１３０２．２０１５．０２．０１０ 小拟南芥ＨＤＧ１２基因的克隆、生物信息学分析 及植物表达载体的构建 梁志强，孔德真，李辉玲，裴　娟，祝建波，王爱英 （石河子大学生命科学学院／农业生物技术重点实验室，新疆石河子８３２００３） 　　摘要：以小拟南芥基因组ＤＮＡ为模板，运用同源克隆法获得小拟南芥ＨＤＧ１２基因，命名为ＡｐＨＤＧ１２。运用生物 信息学方法，对ＡｐＨＤＧ１２基因的理化性质、保守序列、二级结构、亚细胞定位等进行了分析，并进行同源建模。经测序 和生物信息学软件预测分析，结果显示，ＡｐＨＤＧ１２基因由１０个外显子和９个内含子组成，ｍＲＮＡ长度为２０６４ｂｐ，编码 ６８７个氨基酸，亚细胞定位于细胞核。系统进化树显示ＡｐＨＤＧ１２与Ｃａｐｓｅｌｌａｒｕｂｅｌｌａ遗传距离最近，ＣＤＤ保守序列分析 结果显示ＡｐＨＤＧ１２有１８～７９位的同源异型域和２０６～４３６位的ＳＴＡＲＴ结构域，属于ＨＤ－ｚｉｐ 类基因家族，同时构 Ⅳ 建了植物表达载体ｐＢＩ１２１：：ＨＤＧ１２，转化到农杆菌ＧＶ３１０１中，为进一步研究基因功能奠定基础。 　　关键词：小拟南芥；ＨＤＧ１２基因；克隆；生物信息学 　　中图分类号：Ｑ７８　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１５）０２－００３３－０５ 　　全球正面临着水资源日益短缺的境况，由干旱造成的农 拟南芥中克隆得到了一些抗逆基因，与拟南芥有较高的同源 作物减产及经济损失逐渐加剧，因此甄别利用具有耐旱性的 性，如黄先忠等利用同源克隆法克隆的ＡｐＣＢＦ１和ＡｔＣＢＦ１编 ［１０］ 基因，提高作物的耐旱性，发展生物节水农业，对于缓解水资 码的氨基酸序列一致 ；院海英等利用同源克隆法得到的 ［９］ 源危机，保障国家的粮食安全、生态安全和可持续发展具有重 ＡｐＮＨＸ１与ＡｔＮＨＸ１编码的氨基酸序列比对结果为９９％ ； 要意义。 刘瑞娜等利用同源克隆法以ＡｔＨＲＤ基因序列为模板设计同 ［１１］ 拟南芥ＨＤ－ｚｉｐ 类基因家族有 １６个成员，其中大部分 源引物克隆得到了小拟南芥ＡｐＨＲＤ 。本研究以小拟南芥 Ⅳ 在植物表皮层中表达，控制表皮细胞的分化、色素的合成、表 基因组ＤＮＡ为模板，根据ＮＣＢＩ上ＨＤＧ１２基因序列设计同源 ［１－２］ 皮毛和根毛的发育 。ＧＬ２在表皮毛部位表达，控制种皮、 引物，克隆得到了ＡｐＨＤＧ１２基因，并利用生物信息学软件及 ［３］ 根毛以及茎叶表皮毛的发育 ；ＡＴＭＬ１和ＰＤＦ２共同调节表 在线序列分析工具，对其进行结构与功能预测，以期为后续开 皮的发育，若 ＰＤＦ２过量表达则影响花的形态以及开花时 展的ＡｐＨＤＧ１２基因功能和作用机理研究提供一定的参考 ［４］ 间 ；ＡＮＴＨＯＣＹＡＮＩＮＬＥＳＳ２（ＡＮＬ２）控制