第十二章微生物的进化系统发育和分类鉴定14级期末总结用课件.pptVIP

第十二章 微生物的进化、系统发育和分类鉴定 本章 主要内容 第一节 进化的测量指征 第二节 细 菌 分 类 第三节 微生物分类鉴定的特征和技术 第四节 微生物的快速鉴定和自动化分析技术 2. 作为进化标尺的生物大分子的选择原则 1）该分子广泛分布在所需研究的类群; 2）该分子在每种生物中功能相同; 3）为了鉴定大分子序列的同源位置或同源区，要求 该分子序列必须能严格线性排列，以便进行进一 步的分析比较； 4）该分子上序列的改变（突变）频率应与进化的测 量尺度相适应。 大量的资料表明：功能重要的大分子、或者大分子中功能重要 的区域，比功能不重要的分子或分子区域进化变化速度低。 第一节 进化的测量指征 一、进化指征的选择 二、RNA作为进化的指征 在蛋白质、RNA和DNA等生物大分子中，最适合于揭示各类生物亲缘关系的是rRNA（甚至被人称为“活化石”），尤其是16S rRNA（真核生物其同缘分子是18S rRNA)。16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”： 1）rRNA具有重要且恒定的生理功能； 2）在16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度 保守和高度变化的序列区域，因而它适用于进化距离不同的 各类生物亲缘关系的研究； 3）16S rRNA分子量大小适中，便于序列分析； 4）rRNA在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)，也易于提取； 5）16S rRNA 普遍存在于真核生物和原核生物中(真核生物中其同 源分子是18S rRNA)。因此它可以作为测量各类生物进化的工具。 第一节 进化的测量指征 建立16 S r RNA系统发育树的意义 a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群； b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法； c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据； d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立了全 新的分类理论； e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理 论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进 行研究。 第一节 进化的测量指征 三、rRNA和系统发育树 第二节 细菌分类 分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。 从广义上讲，分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分： 分类、命名、鉴定 微生物分类学(microbial taxonomy： 研究微生物分类理论和技术方法的学科。 微生物种的定义 基因型种： 基因组DNA杂交同源性在60-70%以上；或者16S rRNA序列同源性达97%以上的菌株定为一个种。 4）种或物种（species）： 常用的细菌分类学术语： 表型种： 具有高度特征相似性的菌株群，这个菌株群与其他的菌株群有很明显的区别。 二、微生物的命名 双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示。 属名 在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名加词 在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用 sp.来表示， spp. 来表示复数。 例如 Bacillus sp. Bacillus spp. 学名=属名+ 种名加词+（首次定名人）+ 现名定名人+ 现名定名人年份 例：大肠埃希氏菌（简称“大肠杆菌”） Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 （参见P336；P323） 《伯杰氏系统细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology) 伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验的具体方法。 （20世纪80年代末期） 甚至有人称它为细菌分类学的“圣经”。 《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology) 三、 伯杰氏手册 第二节 细菌分类 鉴定工作步骤： 获得该微生物的纯培养物； 测定一系列必要的鉴定指标； 查找权威性的菌种鉴定手册。 第三节 细菌分类鉴定的特征和技术 形态、生理、生化、生态、遗传特征、化学分类特征，这些特征用于微生物分类多年，对于常规鉴定和系统信息的获得非常有用。 分子学特征则是对蛋白质和核酸进行分析，由于分析的是基因的直接产物或基因本身，更真实地反映了微生物之