植物细胞与染色体工程国家重点实验室.PDFVIP

植物细胞与染色体工程国家重点实验室 数据分析服务器用户指南 2013-04-02 Version-1 目 录 第一章 服务器基本信息2 第二章 服务器的使用3 第三章 Linux 常用命令6 第四章 软件编译和安装 10 第五章 文件传输 12 注意事项 13 附 录 14 1 / 16 第一章 服务器基本信息 植物细胞与染色体工程国家重点实验室数据分析服务器基于生物信息分析 中广泛使用的Linux 操作系统，将常用的数据分析公共软件和数据库集成到系统 中，搭建了一套适于进行生物信息和数量遗传学研究的平台，可以适应用户多种 个性化分析的需求，该平台由专人进行维护、咨询和培训服务，协助本实验室人 员深度挖掘海量数据。 Figure 1. 服务器照片 （存放于遗传发育所2 号楼S2-117 房间） 服务器配置信息： 品 牌：IBM 操作系统：Red Hat Enterprise Linux 6.1 处 理 器：8 颗Intel Xeon 10C E7-8850 内 存：1024GB DDR3 RDIMM 存 储：48TB 2 / 16 第二章 服务器的使用 植物细胞与染色体工程国家重点实验室职工和学生均可向服务器管理员申 请用户名和初始密码，获得上述信息后即可访问和使用服务器上的计算资源。为 了展开服务器上的科学计算工作，需要按以下步骤进行。 1. 账号申请： 填好下表发送至：zhkzhou@ ，即可获得账号和初始密码。 申请人 课题组 磁盘空间 邮箱 2. 本地准备工作 为了登录服务器，在本地的 PC 机上需要安装链接服务器 SHELL 的客户端 （client）程序。对于 windows 用户，建议使用的软件SSH Secure Shell Client ， 最新版本的软件和说明书可从以下网站下载： /softdown/20089_2.htm Figure 2. SSH Secure Shell Client 登录设置 3 / 16 本服务器的安全策略是仅允许遗传发育所内 IP 地址登陆，该策略可以有效 防止网络攻击，最大限度保证数据安全。 Figure 3. SSH Secure Shell Client 登录后界面 纯字符的 SHELL 命令行通常已经能够满足大多数用户。登陆之后，首先要 用 passwd 命令更改自己的密码，从而保证账号和资源安全。当密码遗忘或遇 到问题需要管理员解决时，可请管理员修改自己的密码。 修改密码的方法如下： [zkzhou@PCCE ~]$passwd Changing password for user zkzhou. (current) UNIX password: Linux 系统中的密码在键入时不会显示。修改完密码后，可以管理一下自己 的家目录， Linux 系统中，例如当登录用户为 zkzhou 时，家目录路径是 /home/zkzhou 。在家目录中，一般会有一个 .bashrc 文件存放 bash 的环境变 量。bash 是Linux SHELL 的一种，其语法比较接近 C 语言， Linux 的SHELL 还有 sh、csh、tcsh 等多种。目前服务器上的用户默认 SHELL 是 bash。关 于.bashrc 文件的详细介绍请参考下一部分内容。 至此，可以在家目录中建立目录，存放要运行的软件和数据。在平时的使用 中，维护自己的家目录是非常重要的，对于软件的编译和运行，一个有条有理的