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微阵列第11次课
第十章 MicroRNA微阵列分析 黄仲曦 基础医学院肿瘤研究所 microRNA简介 长度约22个核苷酸的非编码RNA；人类目前发现700多个。 通过与靶mRNA的3’UTR结合，降解mRNA或抑制蛋白翻译。 一个microRNA可以调控几十上百个基因；反之，多个microRNA调控可以同一个基因。 在生命的各个过程中都发挥重要作用（例如，干细胞、胚胎发育、肿瘤、心血管疾病等）。 MicroRNA芯片 microRNA合成与功能 / 搜索 miRBase 按蔟搜索: miRNA 间距 10000 (68 蔟, 265 miRNA) 搜索miRNA周边的基因组特征 hsa-let-7a-1的基因组特征 miRBase功能总结 搜集最全面的microRNA并提供各种搜索功能； 可以获取microRNA的序列、蔟和周围基因组特征； 可以预测microRNA的靶基因。 microRNA靶基因预测程序和已知靶基因数据库 Welcome To PicTar PicTar WEB INTERFACE http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/ http://diana.cslab.ece.ntua.gr/pathways/ KEGG Pathways enrichment in hsa-let-7a target genes. Prediction software: TS5- using a score threshold 思考题 microRNA的主要功能是什么？ miRBase数据库的主要功能是什么？ 常见的microRNA靶基因预测软件和数据库有哪些？ * 《微阵列设计与分析》 MicroRNA expression profiling of human metastatic cancers identifies cancer gene targets. J Pathol. 2009,219:214-21. 43 对 原发肿瘤 (10 结肠, 10 膀胱, 13 乳腺, 10肺癌) 和相应的淋巴结转移瘤 microRNA在动物中的加工过程。两条途径：一条来自独立基因，另一条来自内含子。 酶:浅绿色椭圆 缩写: pri-miRNA = 前microRNA转录本 pre-mRNA = 信使RNA前驱物 pre-miRNA = microRNA前驱物 miRNA = microRNA miRNA* = 反义microRNA miRNP = microRNA核糖核蛋白复合物 /wiki/MicroRNA 约22个核苷酸 miRBase是最权威的microRNA数据库，大约每半年更新一次。 hsa-let-7d MIMAT0000065 AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGUU hsa-let-7c MIMAT0000064 UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU hsa-let-7a-2* MIMAT0010195 CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC hsa-let-7b* MIMAT0004482 CUAUACAACCUACUGCCUUCCC hsa-let-7e* MIMAT0004485 CUAUACGGCCUCCUAGCUUUCC hsa-let-7e MIMAT0000066 UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU hsa-let-7d* MIMAT0004484 CUAUACGACCUGCUGCCUUUCU hsa-let-7b MIMAT0000063 UGAGGUAGUAGGUUGUGUGGUU hsa-let-7a MIMAT0000062 UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU hsa-let-7a* MIMAT0004481 CUAUACAAUCUACUGUCUUUC hsa-let-7c* MIMAT0004483 UAGAGUUACACCCUGGGAGUUA 浏览miRBase并获取序列 microRNA信息内容 结构 miRNA蔟 靶预测 按染色体搜索 References: 1.Cell, 120:15-20 (2005). 2.Molecular Cell, 27:91-105 (2007). ? 3.Genome Research, 19:92-105 (2009). 819 target genes 相比其它预测程序，PicTar 和 TargetScanS联合的预测效果无论在敏感性和特异性都是最好的！这个结论在2006年以前成立，以后就不一定了。 TarBase v.5c：已知miRNA靶基因数据库 Nucleic Acids Res. 2009,D1
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