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蛋白质序列二级结构的搜索 * Abstract 生命科学家使用的生物数据集的查询工具效率低下 在基于二级结构的大型数据集上搜索的问题 定义了直观的二级结构的查询语言 评估查询的算法 在Periscope、ORDBMS上实现算法 框架：优化查询、评估各种查询估计计划的开销 高效、交互式的二级结构查询（大型蛋白质数据集） * 1. Introduction 人类基因组工程： 从蛋白质和DNA序列中得出有意义的生物信息、知识（bioinformatics）。 确定基因的位置和功能，观察蛋白质之间的反应，蛋白质保持时蛋白质的功能结构。 提出问题： 与大型生物数据集的分析密切相关 存储和查询大型基因、蛋白质数据库 * 1.1 生物背景知识 蛋白质的结构组织：四层 主结构：氨基酸的线性序列，蛋白质识别 二级结构：氨基酸的线性序列折叠成三维结构：?-螺旋（helix）， ?-片（sheet），翻转（loop） 三维结构决定蛋白质的功能 模式和排列：变革性的关系 二级结构折叠的类型、长度、开始位置：功能 * 1.2 科学动力 发现新的蛋白质、新的功能：确定蛋白质的功能和类型 已有方法 搜索已知的蛋白质数据库，和未知的蛋白质相匹配 分析相似蛋白质的功能和分类，得出共同点 简单基础：定义了蛋白质相似性 蛋白质结构和搜索目标的不同，相似性的定义不同：匹配主结构；匹配二级结构（预测生物分子反应）； 同样的级别上也有不同：一部分；整个序列 Flexible；efficient BLAST 服务器负载重；查询估计算法的效率 交互式的结果：验证、否定一些假设 高效的查询估计技术 * 1.3 内容 定义了简单、直观的查询语言：基于分区的二级结构查询 识别不同的算法，有效地估计查询。 由于查询和分区选择，算法选择对查询的执行有突出的影响 查询优化框架： 基于查询和数据特征选择最优查询计划 直方图：精确、空间小 在Periscope、ORDBMS上实现： 现实数据集、检验算法 高效 * 2. 蛋白质格式（format) 依赖于预测工具 大部分已知蛋白质的二级结构都是预测度量 准确率：60%－70% Predator：单氨基酸序列的残余氢的识别 65%；本机运行 蛋白质名，氨基酸长度，主结构，预测的二级结构 * 3. 查询语言和例子 3类原子查询 3类二级结构（h、e、l）；成组出现；按类型和长度表示二级结构序列 查询：分区谓词序列 * 4. 查询估计技术 Complex Scan of Protein Table（CSP） 普通分区技术 Simple Scan of Segment Table(SSS) 扫描整个分区，利用INLJ得到蛋白质，FSM Index Scan of Segment Table（ISS） 扫描索引，INLJ Multiple Index Scans of Segment Table(MISS n) ISS的概化，扫描B树索引N次，2n谓词数，n-way-sort-merge-join,INLJ * 4.1 Complex Scan of Protein Table（CSP） 扫描蛋白质表，找到蛋白质，逐个对比蛋白质的二级结构，返回信息 non-deterministic finite state machine(FSM) 二级结构每次输入FSM一个字符，直到输入一个最终（匹配）状态，或确定不匹配 每个query对应一个FSM 一个蛋白质可能匹配多次：在蛋白质的每个位置都运行FSM匹配测试 * 4.2 普通分区技术 基于分割结构 把蛋白质的二级结构分割为相同类型的部分，分别存入分区表，多属性：类型、长度、原始蛋白质id、分区的起始位置 Multi-attribute B+树索引，基于类型和长度 Clustered B+树索引 Index－Nested Loops Join（INLJ），B+树：连接蛋白质表和分区表 id进行排序 Non-gap的QUERY，一次扫描分区表、索引就可以得到结果 ………………（略） * 5.1 Query 优化和估计 决定使用哪个plan来估计query 为4个plan的CPU，I/O开销建模(cost function) 两个直方图： 基本直方图：决定query谓词的选择 复杂直方图：估计结果蛋白质的选择 输入:每个query谓词选择、结果选择的估计 基本直方图： k*3矩阵（e h l），k是直方图桶的数量 [7][2]代表h 7 7的数量 最后一个桶：长度=k的所有分区 k=100:足够小;足够大 248,375蛋白质、10,288,769分区，13‘建立直方图，query 优化器1ms/谓词，99%的分区占1.2KB空间 * 5.2 复杂直方图 整个query结果的选择，而不是给定的quer